아파트 임대 후 분양에 대한 법인세 감면 여부 및 세무조사 적법성

안녕하세요. 오늘은 아파트 임대 사업 후 분양 시 발생하는 법인세 문제와 세무조사의 적법성에 대한 대법원 판결을 살펴보겠습니다.

(주)아주건설(이하 '원고')은 아파트를 건설하여 5년 이상 임대 후 분양하고 법인세를 신고했습니다. 그런데 광주세무서장(이하 '피고')이 세무조사를 통해 법인세를 다시 계산하여 추가로 고지했습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점은 크게 두 가지였습니다. 첫째, 아파트 분양으로 얻은 이익에 대해 법인세 감면이나 비과세 혜택을 받을 수 있는지, 둘째, 피고의 세무조사 과정이 적법했는지 여부입니다.

1. 법인세 감면 여부

원고는 임대 후 분양에 따른 양도차익에 대해 법인세 감면 또는 비과세를 주장했습니다. 하지만 대법원은 이를 받아들이지 않았습니다. 당시 구 조세감면규제법 제67조 제1항(현행 조세특례제한법 제97조 제1항)은 양도소득세와 특별부가세 감면에 대한 내용이었지, 법인세 감면에 대한 내용이 아니라는 것입니다. 또한 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호의2(2015. 12. 28. 개정 전)는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용되지 않는 주택을 규정한 것이지, 법인세 비과세 규정이 아니라고 판단했습니다. 즉, 원고가 주장하는 법 조항들은 법인세 감면이나 비과세와는 관련이 없다는 것입니다.

2. 세무조사 적법성

원고는 피고의 세무조사 대상자 선정 및 사전통지 절차 생략 등이 위법하다고 주장했습니다. 그러나 대법원은 피고가 원고의 법인세 신고서 등 객관적인 자료를 바탕으로 탈루 또는 오류 혐의를 인정할 만한 충분한 근거를 가지고 세무조사를 진행했다고 보았습니다. 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호(2016. 12. 20. 개정 전)에 따라 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 세무조사를 할 수 있다는 것입니다.

또한 사전통지 없이 세무조사를 진행한 것에 대해서도, 구 국세기본법 제81조의7 제1항(2016. 12. 20. 개정 전) 단서 조항에 따라 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우 사전통지를 생략할 수 있다는 점을 근거로 적법하다고 판단했습니다. 더불어 피고가 원고에게 소명자료 제출 기회를 충분히 부여하는 등 적법한 절차를 준수했다고 보았습니다.

결론적으로 대법원은 원고의 상고를 기각하고, 피고의 세무조사 및 법인세 부과 처분이 적법하다고 판결했습니다.

이번 판례는 아파트 임대 후 분양 시 발생하는 법인세 문제와 세무조사의 적법성에 대한 기준을 제시했다는 점에서 의미가 있습니다. 임대사업 후 분양을 계획하는 법인들은 관련 법규를 꼼꼼히 확인하고, 세무조사 관련 절차에도 유의해야 할 것입니다.