연구개발 인력에게 지급한 중간정산퇴직금, 연구·인력개발비 세액공제 대상일까?

기업이 연구개발 활동에 투자하는 비용에 대해 세금 감면 혜택을 주는 제도, 바로 연구·인력개발비 세액공제입니다. 기업 입장에서는 세금 부담을 줄이면서 기술 개발에 더욱 힘쓸 수 있고, 국가적으로도 기술 경쟁력 강화에 도움이 되는 좋은 제도죠. 그런데 이 세액공제 혜택을 받을 수 있는 비용의 범위를 두고 분쟁이 발생하는 경우가 종종 있습니다. 오늘은 연구개발 인력에게 지급한 중간정산퇴직금이 연구·인력개발비 세액공제 대상에 포함되는지에 대한 대법원 판례를 소개해드리겠습니다.

사건의 발단

한 기업(원고)은 연구개발 전담부서 직원들에게 중간정산퇴직금을 지급하고, 이 금액을 연구·인력개발비에 포함하여 세액공제를 받았습니다. 하지만 세무서(피고)는 중간정산퇴직금은 세액공제 대상이 아니라고 판단하여 세금을 추가로 부과했고, 이에 기업이 소송을 제기했습니다.

쟁점: 중간정산퇴직금도 연구·인력개발비인가?

핵심 쟁점은 중간정산퇴직금이 조세특례제한법에서 정한 연구·인력개발비 세액공제 대상인 '인건비'에 해당하는지 여부였습니다. 기업은 중간정산퇴직금도 퇴직급여충당금에서 지급되는 인건비의 일종이므로 세액공제 대상에 포함된다고 주장했습니다.

대법원의 판단: 중간정산퇴직금은 세액공제 대상 아니다

대법원은 기업의 주장을 받아들이지 않았습니다. 대법원은 연구·인력개발비 세액공제 제도의 취지는 기업의 기술인력 개발을 장려하기 위한 것이므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만 세액공제 대상으로 삼아야 한다고 판시했습니다. (대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결 참조)

퇴직금은 장기간의 근속기간을 고려하여 지급하는 후불적 임금으로, 근로계약이 종료되어야 지급 의무가 발생합니다. 따라서 퇴직금 및 중간정산퇴직금은 해당 과세연도의 연구개발 활동에 직접 대응하는 비용이라고 보기 어렵다는 것이 대법원의 판단입니다. 퇴직급여충당금은 회계상 비용으로 처리될 수 있지만, 이는 장래 발생할 퇴직금 지급에 대비하여 미리 비용을 계산한 것일 뿐, 실제 연구개발 활동에 사용된 비용과는 다르다는 점도 지적했습니다.

결론적으로 대법원은 퇴직급여충당금과 중간정산퇴직금은 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것 및 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항의 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당하지 않는다고 판결했습니다. (관련 조문: 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 [별표 6], 제8조 제1항 [별표 6])

이 판례는 연구·인력개발비 세액공제 제도의 적용 범위를 명확히 함으로써, 제도의 취지에 맞는 정확한 세액공제가 이루어지도록 하는 데 기여했다고 볼 수 있습니다. 기업은 연구·인력개발비 세액공제를 적용할 때, 해당 비용이 과세연도의 연구개발 활동과 직접적인 관련이 있는지 꼼꼼히 확인해야 할 것입니다.