재고품 감손처리와 부가가치세 부과, 그 진실은?

회사를 운영하다 보면 재고품을 감손 처리해야 하는 경우가 생깁니다. 그런데 세무서에서 이를 매출 누락으로 보고 부가가치세를 부과한다면? 억울하지 않을까요? 오늘은 재고품 감손 처리와 관련된 부가가치세 분쟁 사례를 통해 사업자의 입증 책임에 대해 자세히 알아보겠습니다.

사건의 개요

전기절연제 부품을 생산하던 A 회사는 사업이 어려워지자 수출용 카세트 제작으로 업종을 전환했습니다. 그 과정에서 기존 사업에 사용하던 변압기 부품 등 원재료(취득원가 약 6천만 원)가 남게 되었고, A 회사는 이를 장부에 기장하여 이월 처리했습니다. 3년 후, A 회사는 이월된 원재료를 감손 처리했는데, 세무서는 이를 매출 누락으로 간주하고 부가가치세를 부과했습니다.

세무서의 주장: A 회사가 감손 처리한 원재료를 실제로는 판매했지만, 매출을 신고하지 않고 숨겼다는 것입니다.

A 회사의 주장: 사업 업종을 전환한 후 3년이나 지난 원재료는 더 이상 사용할 수 없어 폐기 처분했을 뿐, 판매하지 않았다는 것입니다.

법원의 판단

1심과 2심 법원은 A 회사의 주장을 받아들이지 않고 세무서의 손을 들어주었습니다. 그러나 대법원은 A 회사의 상고를 받아들여 원심 판결을 뒤집었습니다.

대법원은 부가가치세 부과의 핵심은 '실제 매출이 있었는가'라고 판단했습니다. 즉, 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지, 과세표준인 공급가액이 얼마인지는 과세관청이 입증해야 한다(부가가치세법 제21조)는 것입니다. 단순히 장부상 재고품이 감손 처리되었다고 해서 입증 책임이 납세자에게 넘어가는 것은 아니라고 못 박았습니다.

특히, A 회사의 경우 업종 전환 후 3년이나 지난 부품을 판매했을 가능성은 낮다고 보았습니다. 오히려 폐기 처분했을 가능성이 더 높다는 것이죠. 따라서 세무서가 매출 사실을 입증하지 못한 이상 부가가치세 부과는 부당하다고 판결했습니다. (행정소송법 제26조 [입증책임] 참조)

관련 판례:

• 대법원 1990.2.13. 선고 89누2851 판결
• 대법원 1992.1.17. 선고 91누7415 판결

핵심 정리

재고품 감손 처리 시 세무서에서 매출 누락으로 의심하여 부가가치세를 부과할 수 있습니다. 하지만, 매출 사실에 대한 입증 책임은 과세관청에 있습니다. 납세자는 감손 처리의 정당한 사유를 소명해야 하지만, 매출이 없었다는 사실 자체를 입증할 필요는 없습니다. 따라서 재고품 감손과 관련하여 부가가치세 분쟁이 발생하면, 관련 법규와 판례를 숙지하고 적극적으로 대응하는 것이 중요합니다.