중소기업진흥공단의 이차보전출연금, 법인세 과세 대상 아니다!

중소기업을 지원하기 위한 정부 기금 운용 과정에서 발생하는 손실을 보전받은 금액에 대해 세금을 매겨야 할까요? 최근 대법원 판결을 통해 이에 대한 답이 나왔습니다. 바로 중소기업진흥공단이 정부로부터 받은 이차보전출연금은 법인세 과세 대상이 아니라는 것입니다. 자세한 내용을 살펴보겠습니다.

사건의 배경

중소기업진흥공단은 중소기업 지원을 위해 정부 기금인 "중소기업구조고도화자금"을 운용합니다. 그런데 이 자금의 대출 금리가 조달 금리(빌려온 돈에 대한 이자)보다 낮아서 공단은 지속적으로 손실(이차손실)을 보고 있었습니다. 이 손실을 메꾸기 위해 정부는 공단에 이차보전출연금을 지급했습니다. 이에 대해 세무서는 이 출연금이 공단의 수익이라며 법인세를 부과했고, 공단은 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

쟁점

핵심 쟁점은 중소기업진흥공단이 받은 이차보전출연금이 법인세 과세 대상인 '수익사업에서 생긴 소득'에 해당하는지 여부였습니다. 비영리법인인 중소기업진흥공단은 수익사업이 아닌 고유 목적 사업에서 발생한 소득에 대해서는 법인세를 납부할 의무가 없기 때문입니다.

대법원의 판단

대법원은 중소기업진흥공단의 손을 들어줬습니다. 대법원은 '수익사업'이란 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 해야 한다고 판단했습니다 (대법원 1980. 11. 11. 선고 80누278 판결, 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결 참조).

이 사건에서 중소기업진흥공단의 사업은 중소기업 지원이라는 공익적 목적을 위한 것이었고, 대출금리가 조달금리보다 낮게 책정된 것도 정부 정책에 따른 것이었습니다. 따라서 이차보전출연금은 수익사업에서 발생한 소득이 아니므로 법인세 과세 대상이 아니라고 판결했습니다. 즉, 손실 보전을 위해 받은 돈은 수익이 아니라는 것입니다.

관련 법 조항

이 사건의 판결은 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제1조 제1항(현행 제1조 제2호, 제3조 제2항 참조)에 근거합니다. 비영리법인은 수익사업에서 생긴 소득에 대해서만 법인세 납부 의무가 있다는 내용입니다.

결론

이번 판결은 비영리법인의 수익사업 여부를 판단하는 기준을 명확히 제시했다는 점에서 의미가 있습니다. 단순히 돈이 들어왔다고 해서 모두 수익으로 보는 것이 아니라, 사업의 목적과 성격 등을 종합적으로 고려해야 한다는 것을 보여줍니다.