농업경영체 등록 안 했다고 법인세 면제 안 해준다? No!

영농조합법인이 식량작물 재배로 번 소득에 대해 세금 혜택을 받으려면 꼭 농업경영체 등록을 해야 할까요? 결론부터 말씀드리면 아니오! 입니다. 최근 대법원 판결에서 이에 대한 중요한 기준이 제시되었습니다.

사건의 발단:

이천의 한 낙농영농조합법인(원고)은 2015년과 2016년에 법인세 신고를 하면서 식량작물 재배로 얻은 소득에 대해 세금을 면제해달라고 신청했습니다. 관련 법(구 조세특례제한법 제66조 제1항)에 따라 영농조합법인은 식량작물재배 소득에 대해 법인세를 면제받을 수 있거든요.

하지만 세무서(피고)는 "농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다"는 이유로 세금 면제를 거부하고 세금을 부과했습니다. 세무서가 근거로 든 것은 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항. 이 조항은 세금 면제를 신청하려는 영농조합법인은 '농업경영체 등록확인서'를 제출해야 한다고 규정하고 있습니다. 결국 법인은 소송을 제기했고, 대법원까지 가게 되었습니다.

대법원의 판단:

대법원은 영농조합법인의 손을 들어주었습니다. 핵심 논리는 다음과 같습니다.

• 법인세 면제의 핵심 요건은 '농어업경영체법에 따른 영농조합법인'인 것: 농업경영체 등록 여부는 법에서 명시적인 면제 요건으로 정하고 있지 않습니다.
• 등록확인서 제출은 협력 의무일 뿐: 농업경영체 등록확인서 제출 의무는 면제 신청 절차에 관한 것이지, 면제 자체를 받을 자격을 제한하는 것은 아닙니다. 즉, 확인서 제출은 행정 편의를 위한 자료 제출 의무일 뿐 필수 요건은 아니라는 것입니다.
• 시행령이 법률의 위임 범위를 벗어남: 만약 등록확인서 제출을 면제 요건으로 본다면, 상위법인 법률에서 위임한 범위를 벗어나는 것이라고 판단했습니다.

관련 법조항:

• 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항, 제8항
• 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항
• 구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2020. 2. 11. 법률 제16965호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항, 제16조 제3항

핵심 정리:

이번 판결은 농업경영체 등록확인서 미제출을 이유로 법인세 면제를 거부할 수 없다는 것을 명확히 했습니다. 영농조합법인이라면 꼭 알아두어야 할 중요한 판례입니다.