사업 양도 시 부가가치세 매입세액 공제, 어떤 경우에 가능할까요?

사업을 인수할 때 부가가치세 문제는 꽤 복잡합니다. 특히 사업 양도양수 과정에서 세금계산서를 받았더라도 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없는 경우가 있어 주의가 필요합니다. 오늘은 사업 양도와 관련된 부가가치세 매입세액 공제에 대해 자세히 알아보겠습니다.

사업 양도란 무엇일까요?

사업의 양도는 단순히 사업용 자산을 파는 것과는 다릅니다. 사업장별로 사업에 필요한 모든 것, 즉 건물, 기계, 재고, 권리, 의무 등을 포괄적으로 넘기고 사업의 본질은 그대로 유지하면서 경영하는 사람만 바뀌는 것을 말합니다. 직원들이 그대로 승계되지 않더라도 사업의 양도로 인정될 수 있습니다. (구 부가가치세법 제6조 제6항 제2호, 같은 법 시행령 제17조 제2항, 대법원 1999. 5. 14. 선고 97누12082 판결, 대법원 2003. 1. 10. 선고 2002두8800 판결, 대법원 1992. 5. 26. 선고 91누13014 판결)

사업 양도 시 부가가치세는 어떻게 될까요?

원칙적으로 사업의 양도는 재화의 공급으로 보지 않습니다. 따라서 부가가치세가 발생하지 않습니다. 하지만 예외적으로 사업 양도자가 세금계산서를 발행한 경우에는 재화의 공급으로 간주될 수 있습니다. (구 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 단서)

그럼, 매입세액 공제는 언제 가능할까요?

핵심은 사업 양도자가 세금계산서를 발행하고, 양수자로부터 거래징수한 부가가치세를 실제로 신고하고 납부했을 때에만 양수자가 매입세액 공제를 받을 수 있습니다. (구 부가가치세법 시행령 제17조 제3항) 즉, 세금계산서만 받았다고 해서 무조건 공제되는 것은 아닙니다. 양도자가 세금을 납부해야만 양수자가 공제 혜택을 받을 수 있습니다.

이런 규정은 사업 양도자와 양수자가 서로 짜고 세금계산서를 주고받아 부당하게 매입세액 공제를 받는 것을 막기 위한 것입니다. 이러한 제한 때문에 사업 양도 시 매입세액 공제를 받을 수 있는 기회가 줄어들 수 있다는 주장도 있지만, 대법원은 이러한 시행령 규정이 법률의 취지를 벗어나거나 무효라고 볼 수 없다고 판단했습니다. (대법원 2007. 4. 26. 선고 2007두1861 판결)

결론적으로, 사업 양도 시 부가가치세 매입세액 공제는 양도자가 세금계산서를 발행하고 실제로 부가가치세를 신고 및 납부했을 때에만 가능합니다. 사업 양수 시에는 이 점을 꼭 확인하여 불이익을 받지 않도록 주의해야 합니다.