재개발조합 법인세, 취득가액 재조사 결정과 기속력

안녕하세요! 오늘은 재개발조합의 법인세와 관련된, 조금 복잡하지만 중요한 판례를 쉽게 풀어서 설명해 드리려고 합니다. 핵심은 조세심판원의 재조사 결정이 있을 때 세무서가 어떻게 따라야 하는지에 대한 이야기입니다.

사건의 시작

A 재개발조합은 조합원들에게 받은 토지와 건물(자산)을 이용하여 재개발 사업을 진행했습니다. 법인세 신고 당시, A조합은 자산의 취득가액을 사업시행계획인가일 기준으로 감정평가한 금액으로 신고했습니다. 하지만 나중에 생각해보니 관리처분계획인가일 기준으로 평가한 금액이 더 맞는 것 같아서 세무서에 법인세 감액 경정(세금을 줄여달라는 요청)을 청구했습니다.

그러나 세무서는 A조합의 주장을 받아들이지 않았습니다. 처음 신고한 가격이 적정하다는 것이었습니다. A조합은 억울했고, 조세심판원에 심판청구를 했습니다.

조세심판원의 결정

조세심판원은 A조합과 세무서 양측이 주장하는 가격 모두 시가로 보기 어렵다고 판단했습니다. 그리고 세무서에게 "자산 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사해서 그 결과에 따라 세금을 다시 계산하라"는 결정을 내렸습니다 (재조사 결정).

세무서의 반응과 법원의 판단

세무서는 재조사를 했지만, 객관적인 감정평가액을 찾을 수 없다고 판단했습니다. 그래서 상증세법(상속세 및 증여세법)에 따른 보충적 평가방법을 적용했는데, 이렇게 계산하면 A조합에 오히려 세금이 늘어나는 상황이었습니다. "불이익변경금지 원칙"(납세자에게 불리하게 세금을 변경할 수 없다는 원칙) 때문에 세무서는 결국 처음 결정을 그대로 유지했습니다.

A조합은 이에 불복하여 소송을 제기했고, 1심과 2심 법원은 세무서가 조세심판원의 재조사 결정을 제대로 따르지 않았다고 판단했습니다. 재조사 결정의 취지는 새로운 감정평가를 통해 세금을 줄여주라는 것이었는데, 세무서가 이를 따르지 않았으니 위법하다는 것이었습니다.

그러나 대법원은 이를 뒤집었습니다. 조세심판원은 재조사를 하라고만 했지, 반드시 새로운 감정평가를 하라고 지시한 것은 아니라는 것입니다. 게다가 세무서는 나름대로 재조사를 진행했고, 객관적인 감정평가액이 없어 상증세법에 따른 보충적 평가방법을 적용한 것이므로 문제가 없다고 판단했습니다. 불이익변경금지 원칙 때문에 세금을 늘릴 수는 없었던 것 뿐이라는 것이죠.

핵심 정리

• 조세심판원의 재조사 결정은 세무서를 기속합니다. (구 국세기본법 제80조, 제81조, 제65조 제1항 제3호)
• 하지만 재조사 결정이 반드시 특정한 방법(예: 새로운 감정평가)으로 재조사하라는 것을 의미하지는 않습니다.
• 세무서는 재조사 결정의 취지를 존중하여 성실하게 재조사를 수행해야 하지만, 재조사 결과에 따라 불이익변경금지 원칙 등 관련 법령을 준수하며 후속 처분을 할 수 있습니다.

관련 법조항 & 판례

• 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전) 제65조 제1항 제3호, 제5항, 제79조 제2항, 제80조, 제81조(현행 제80조의2 참조)
• 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전) 제41조 제1항 제3호, 제52조 제2항, 제4항
• 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전) 제14조 제1항 제1호 (라)목, 제72조 제2항 제3호 (나)목, 제89조 제2항
• 대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결