공공법인의 취득세 감면과 추징, 핵심은 '직접 사용'

공공법인이 고유업무에 사용할 부동산을 취득하면 취득세와 등록세가 면제되는 경우가 있습니다. 하지만 실제로 고유업무에 사용하지 않으면 면제된 세금을 추징당할 수 있습니다. 이번 판례를 통해 관련 규정과 해석에 대해 알아보겠습니다.

1. 추징 과세의 기준 시점

세금 추징은 언제를 기준으로 할까요? 취득일로부터 1년이 지난 시점입니다. 1년 이내에 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있더라도, 추징 기준일은 취득일로부터 1년 후입니다. (구 지방세법 제290조 제1항, 현행 제287조 제1항 참조, 대법원 1991. 2. 26. 선고 90누7050 판결, 대법원 1997. 7. 11. 선고 96누14494 판결 등) 즉, 1년 안에 정당한 사유가 있다가 나중에 사라지더라도, 사유가 소멸한 날로부터 1년 후가 기준일이 되는 것이 아닙니다.

2. 건축 중인 토지, '직접 사용'으로 볼 수 있을까?

토지를 취득하고 그 위에 고유업무에 사용할 건물을 짓고 있다면, 그 토지를 '직접 사용'하는 것으로 볼 수 있을까요? 1997년 10월 1일 이전에는 지방세법 시행령에 "고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다"는 규정(구 지방세법 시행령 제230조)이 있었습니다. 하지만 이후 개정된 시행령에서는 이 규정이 삭제되었습니다. 따라서 건축 중이라는 사실만으로는 토지를 '직접 사용'하는 것으로 보기 어렵습니다. (대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결 참조)

다만, 건축 중이라면 '직접 사용'하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 봅니다. 그러나 정당한 사유가 인정되는 범위는 건축 중인 건물의 연면적 중 고유업무에 사용될 부분의 비율에 해당하는 토지 부분으로 제한됩니다. (대법원 1994. 3. 25. 선고 92누19279 판결, 대법원 1999. 11. 26. 선고 98두6012 판결 등 참조)

3. 부과제척기간의 중요성

이번 사례에서는 병원 부지 중 근린생활시설 부분에 대한 추징 과세가 문제였습니다. 해당 부분은 고유업무에 직접 사용되지 않았으므로 추징 대상이 될 수 있었지만, 문제는 부과제척기간이었습니다. 관련 법령에 따라 추징 사유 발생일로부터 5년 이내에 과세해야 하는데, 이를 넘겨서 과세했기 때문에 위법하다고 판결되었습니다. (구 국세기본법 제26조의2 제1항, 구 지방세법 제30조의4 제1호, 구 지방세법 시행령 제14조 제2항 제3호, 대법원 2005. 5. 27. 선고 2003다66271 판결 참조)

결론적으로, 공공법인의 취득세 감면과 추징에 있어 '직접 사용' 여부는 중요한 판단 기준이며, 관련 법령과 시행령의 변遷, 그리고 부과제척기간까지 고려해야 함을 알 수 있습니다.