과세·면세사업 겸영 시 공통매입세액 안분 기준은?

사업을 하다 보면 과세 상품과 면세 상품을 함께 판매하는 경우가 있습니다. 이때 사업에 필요한 물품 등을 구입할 때 발생하는 매입세액 중 과세, 면세 사업 모두에 사용되어 실제 어디에 쓰였는지 구분하기 어려운 부분이 있는데, 이를 공통매입세액이라고 합니다. 이 공통매입세액은 과세사업과 면세사업에 적절히 나누어 계산해야 하는데, 어떤 기준으로 안분해야 할까요? 오늘은 대법원 판례를 통해 자세히 알아보겠습니다.

공통매입세액 안분, 원칙은 '공급가액 비율' BUT!

부가가치세법에서는 과세·면세사업 겸영 시 공통매입세액 안분의 기준으로 **'공급가액 비율'**을 원칙으로 제시하고 있습니다. 즉, 총 공급가액 중 면세사업 공급가액이 차지하는 비율만큼 공통매입세액 중 면세사업 관련 부분으로 계산하는 것입니다. (구 부가가치세법 제17조 제7항, 시행령 제61조 제1항 본문, 현행 부가가치세법 제39조 제2항, 제40조 및 시행령 제81조 제1항 참조)

그러나 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있어야 공급가액 비율을 적용할 수 있습니다. 만약 두 사업 부분이 서로 분리·독립되어 있다면 공급가액 비율을 적용할 수 없습니다.

관련성 판단, 무엇을 고려해야 할까요?

두 사업 부분 간 관련성은 다음과 같은 요소들을 종합적으로 고려하여 판단합니다.

• 공통매입세액 발생 사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적
• 사업 운영 형태
• 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성
• 업종의 특성 등

공급가액이 없다면? 다른 기준을 적용!

만약 두 사업 부분이 분리·독립되어 과세기간 중 과세사업 또는 면세사업의 공급가액이 없다면 공급가액 비율을 적용할 수 없습니다. 이 경우에는 매입가액 비율, 예정공급가액 비율 등을 적용하여 안분합니다. 특히 건물을 신축 또는 취득하여 과세·면세사업에 제공하는 경우, 예정면적을 구분할 수 있다면 총예정사용면적에 대한 면세사업 관련 예정사용면적의 비율로 안분합니다. (구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항, 현행 부가가치세법 제40조 및 시행령 제81조 제4항 참조)

대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두10714 판결에서는 서울특별시농수산식품공사(원고)가 가락시장 시설현대화 사업(1~3단계)을 진행하면서 발생한 공통매입세액 안분에 대한 분쟁이었습니다. 원고는 1단계 사업 관련 매입세액을 1단계 사업의 예정사용면적 비율로 안분해야 한다고 주장했지만, 대법원은 1단계 사업이 기존 사업과 분리된 독립적인 사업이 아니라고 판단했습니다. 따라서 가락시장 사업장 전체의 과세·면세사업 공급가액 비율로 안분해야 한다고 판결했습니다. (대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두10714 판결 참조)

이처럼 공통매입세액 안분은 사업 부분 간 관련성, 공급가액 존재 여부 등 여러 요소를 고려하여 판단해야 합니다. 따라서 정확한 세액 계산을 위해 관련 법령과 판례를 꼼꼼히 확인하고, 필요한 경우 전문가의 도움을 받는 것이 좋습니다.