과세사업과 면세사업 겸영 시 매입세액 공제, 어떻게 해야 할까요?

사업을 하다 보면 부가가치세 과세 대상인 거래와 면세 대상인 거래를 동시에 하는 경우가 있습니다. 이렇게 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 매입세액 공제를 어떻게 해야 하는지 헷갈리기 쉽습니다. 오늘은 관련된 대법원 판례를 통해 자세히 알아보겠습니다.

핵심 쟁점: 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 매입세액(공통매입세액)을 어떻게 계산해야 하는지, 그리고 과세사업에 관련된 토지 관련 매입가액은 면세사업 관련 매입가액에 포함되는지 여부가 쟁점이었습니다.

사례: A 회사는 과세사업과 면세사업을 함께 운영하고 있었습니다. A 회사는 과세사업에 사용되었다고 주장하는 매입세액을 공제하여 부가가치세 환급 신고를 했습니다. 그러나 세무서에서는 현지 확인 결과, 과세사업 관련 매입세액이 없다고 판단하여 초과환급신고가산세를 부과했습니다. A 회사는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

대법원의 판단:

1. 공통매입세액 안분 계산: 부가가치세법 시행령 제61조는 공통매입세액 안분 계산 방법을 규정하고 있습니다. 대법원은 이 규정이 예시가 아니라 법규명령이라고 판단했습니다. 즉, 특별한 사정이 없는 한 시행령에서 정한 방식과 순서대로 안분 계산해야 한다는 것입니다. (구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항, 대법원 2010. 3. 25. 선고 2007두18017 판결 참조)

2. 토지 관련 매입가액: A 회사는 과세사업에 관련된 토지 관련 매입가액을 공제받고자 했습니다. 대법원은 과세사업에 관련된 토지 관련 매입가액은 면세사업 관련 매입가액에 포함되지 않는다고 판단했습니다. 토지 관련 매입세액 불공제는 면세사업과는 다른 조세 정책적 목적에서 이루어지기 때문입니다. (구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항, 제61조 제4항 제1호 참조)

결론: 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 공통매입세액은 부가가치세법 시행령에 따라 안분 계산해야 합니다. 또한, 과세사업에 사용된 토지 관련 매입가액이라도 면세사업 관련 매입가액으로 분류되지 않으므로, 매입세액 공제 대상이 아닙니다. 따라서 사업자는 과세/면세 사업에 대한 매입세액을 정확하게 구분하고, 관련 법령에 따라 공제 여부를 판단해야 불필요한 가산세 부담을 피할 수 있습니다.