폐비닐 수거 및 처리 사업에서 부가가치세 공제는 어떻게 될까?

한국환경공단(이전 한국환경자원공사)의 폐비닐 수거 및 처리 사업에서 부가가치세 환급과 관련된 분쟁에 대한 대법원 판결을 소개합니다. 이 판결은 과세사업과 비과세사업을 함께 하는 경우, 특히 정부 보조금을 받는 비과세사업이 포함될 때, 부가가치세 매입세액 공제를 어떻게 계산해야 하는지에 대한 중요한 기준을 제시합니다.

사건의 개요

한국환경공단은 농경지의 폐비닐을 수거하여 판매하거나 재활용하는 사업을 진행했습니다. 이 과정에서 일부 폐비닐은 직접 판매(과세사업)하고, 나머지는 자체 재활용 또는 외부업체 위탁 처리(비과세사업)했습니다. 또한, 폐비닐 수거 및 처리 사업에 대해 정부로부터 국고보조금 등을 지원받았습니다. 세무당국은 외부 위탁처리와 관련된 매입세액과 국고보조금을 비과세사업으로 보고, 과세사업 관련 매입세액에서 일부를 공제하지 않았습니다.

쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 다음과 같습니다.

1. 폐비닐 사업을 단일 과세사업으로 볼 것인가, 아니면 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 볼 것인가?
2. 정부 보조금을 받는 비과세사업의 경우, 매입세액 공제를 어떻게 계산해야 하는가?

대법원의 판단

대법원은 한국환경공단의 사업을 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 판단했습니다. 폐비닐 판매는 과세사업이고, 정부 보조금을 받아 수행하는 폐비닐 수거·재활용 처리는 비과세사업이라는 것입니다. 따라서 비과세사업에 사용된 매입세액은 공제 대상이 아닙니다.

특히, 대법원은 정부 보조금 등을 받는 비과세사업의 경우, 단순히 과세사업과 비과세사업의 매출 비율로 매입세액을 안분 계산할 수 없다고 판시했습니다. (구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 유추적용 불가) 왜냐하면 정부 보조금은 비과세 용역 공급의 대가로 보기 어렵기 때문입니다. 따라서 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 등 다른 합리적인 방법을 적용하여 공통매입세액을 안분 계산해야 한다고 판결했습니다.

핵심 정리

• 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우, 비과세사업 관련 매입세액은 공제 불가.
• 정부 보조금을 받는 비과세사업의 경우, 매출 비율로 매입세액 안분 계산 불가. 다른 합리적인 안분 계산 방법 적용 필요.

관련 법 조항 및 판례

• 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항(현행 제39조 제1항 참조)
• 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항(현행 제81조 제1항 참조), 제4항(현행 제81조 제4항 참조)
• 대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결

이 판결은 과세/비과세 사업을 겸영하는 사업자, 특히 정부 보조금을 받는 사업자에게 부가가치세 신고 및 납부에 대한 중요한 지침을 제공합니다. 자신의 사업에 적용되는 구체적인 세무 처리 방식에 대해서는 전문가와 상담하는 것이 좋습니다.