병원 건물 신축 및 주차장 운영 관련 매입세액 공제는 어떻게?

안녕하세요! 오늘은 병원이 과세사업과 면세사업을 함께 운영하는 경우, 어떤 기준으로 매입세액을 공제받을 수 있는지에 대한 대법원 판례를 소개해드리겠습니다. (대법원 2014. 7. 3. 선고 2013누3254 판결)

사례 소개

A재단은 병원을 운영하면서 의료업(면세) 뿐 아니라 부동산 임대, 주차장 운영, 장례식장 운영(과세) 등 여러 사업을 함께 하고 있었습니다. A재단은 병원 확장을 위해 신관을 신축하고, 기존 병원 건물과 함께 주차장도 운영했습니다. 이 과정에서 발생한 매입세액을 어떻게 공제받아야 할지 문제가 발생했습니다.

쟁점 1. 신관 건축 관련 매입세액은 어떻게 공제받을까?

A재단은 신관 건축 관련 매입세액을 신관의 예정 사용 면적 비율(과세/면세)로 안분하여 공제받으려 했습니다. 하지만 세무서는 신관이 기존 병원의 일부로 운영될 것이므로 병원 전체의 공급가액 비율로 안분 계산해야 한다고 주장했습니다.

대법원의 판단: 신관은 기존 병원 건물과 연결되어 있고, 기존 병원 환자들도 신관 시설을 이용하는 등 신관이 병원 전체의 일부로 운영되는 것으로 보았습니다. 따라서 병원 전체의 공급가액 비율을 기준으로 매입세액을 안분 계산해야 한다고 판결했습니다. (구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 제7항, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 현행 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 제2항, 제40조, 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 참조)

쟁점 2. 주차장 운영 관련 매입세액은 어떻게 공제받을까?

A재단은 병원 내 주차장을 직영하면서, 유료 주차와 무료 주차(병원 이용객) 부분을 구분하여 매입세액을 안분 계산하려 했습니다. 하지만 세무서는 주차장 운영을 의료업과 분리된 별도의 사업으로 보기 어렵다며, 병원 전체의 공급가액 비율로 안분 계산해야 한다고 주장했습니다.

대법원의 판단: 병원 주차장은 병원 이용객 편의를 위해 무료 주차를 허용하는 등 의료업과 밀접하게 관련되어 운영되고 있었습니다. 따라서 주차장 운영을 의료업과 분리된 독립적인 사업으로 보기 어려우므로, 병원 전체의 공급가액 비율로 안분하여 매입세액을 계산해야 한다고 판결했습니다.

쟁점 3. 면세사업용 자산을 과세사업에 사용할 경우 매입세액 공제는?

A재단은 신관 지하주차장 일부를 외부 업체에 임대하면서, 해당 부분이 면세사업에서 과세사업으로 전환되었다고 보아 매입세액 공제를 신청했습니다. 하지만 세무서는 임대 이후에도 해당 주차장이 과세/면세사업에 공통으로 사용되고, 임대 공급가액이 총공급가액의 5% 미만이라는 이유로 공제를 거부했습니다.

대법원의 판단: 외부 업체에 임대했더라도, 해당 주차장은 여전히 병원 이용객에게 무료로 제공되는 등 의료업(면세)에도 사용되고 있었습니다. 따라서 해당 주차장을 과세사업에만 사용하는 것으로 볼 수 없어 매입세액 공제를 거부한 세무서의 처분은 적법하다고 판결했습니다. (구 부가가치세법 제17조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제63조, 현행 부가가치세법 제38조, 부가가치세법 시행령 제79조 참조)

결론

이번 판례를 통해 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 매입세액 안분 계산 시 해당 사업 부분이 실질적으로 얼마나 독립적으로 운영되는지가 중요한 판단 기준임을 알 수 있습니다. 특히 병원처럼 면세사업(의료업)과 밀접하게 관련된 시설이나 서비스를 제공하는 경우, 단순히 형식적인 계약 관계만으로 과세/면세 사업을 구분할 수 없다는 점을 명심해야 합니다.