대도시 법인 합병과 등록세 중과: 핵심은 '새로운' 경제력 집중 여부!

오늘은 대도시에서 법인을 합병할 때 등록세 중과 문제에 대한 흥미로운 판례를 소개하려고 합니다. 복잡해 보이는 내용이지만, 핵심은 "새로운 인구 유입이나 경제력 집중을 유발했는가?"입니다.

사건의 개요

광주에 본사를 둔 A 회사가 서울로 본사를 옮긴 지 5년이 채 되지 않은 시점에, 서울에서 오랫동안 영업해 온 B 회사를 합병했습니다. 그리고 A 회사는 서울에 건물을 매입했는데, 서울시는 A 회사에 등록세를 중과했습니다. 대도시로 본사를 옮긴 지 5년이 안 된 기업이 부동산을 취득하면 등록세를 더 내도록 하는 규정 때문이죠. (구 지방세법 제138조 제1항 제3호) A 회사는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

법원의 판단

법원은 A 회사의 손을 들어주었습니다. 핵심 논리는 다음과 같습니다.

• A 회사는 B 회사를 합병하면서 B 회사의 모든 자산과 권리, 의무를 넘겨받았습니다.
• B 회사는 이미 서울에서 오랫동안 사업을 해왔기 때문에, A 회사가 B 회사를 합병하고 서울에 부동산을 취득했다고 해서 "새로운" 인구 유입이나 경제력 집중이 발생한 것은 아닙니다.
• 따라서, A 회사가 서울로 본사를 옮긴 지 5년이 안 됐더라도, B 회사 자산에 해당하는 부분에 대해서는 등록세를 중과할 수 없습니다.

즉, 법원은 단순히 A 회사가 서울로 본사를 옮긴 지 5년이 안 됐다는 사실만으로 등록세를 중과하는 것은 부당하다고 본 것입니다. 합병 이전에 이미 서울에 존재했던 B 회사의 자산까지 고려해야 한다는 것이죠. 이러한 판단은 구 지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호 및 구 지방세법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17447호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항의 취지에도 부합한다고 판시했습니다.

핵심

• 대도시에서 법인 합병 후 등록세 중과 여부를 판단할 때는, 합병으로 인해 "새로운" 인구 유입이나 경제력 집중이 발생했는지가 중요한 기준이 됩니다.
• 기존에 대도시에서 사업을 해오던 법인을 합병한 경우, 해당 법인의 자산 부분에 대해서는 등록세 중과 대상에서 제외될 수 있습니다.

이 판례는 대도시에서 법인 합병을 고려하는 기업들에게 중요한 시사점을 제공합니다. 등록세 중과 문제로 고민하고 있다면, 전문가와 상담하여 합병 구조를 꼼꼼히 검토하는 것이 좋겠습니다.