비영리법인의 토지 처분과 법인세, 그리고 장부가액 계산

안녕하세요! 오늘은 비영리법인의 토지 처분과 관련된 법인세 문제, 그리고 자산의 장부가액을 어떻게 계산하는지에 대한 대법원 판결을 쉽게 풀어서 설명드리려고 합니다.  조금 복잡해 보일 수 있지만, 차근차근 읽어보시면 이해하실 수 있을 거예요.

사건의 개요

대한기독교연합회어린이선교회(원고)는 토지를 처분하고 발생한 수입에 대해 용산세무서장(피고)으로부터 법인세를 부과받았습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다. 핵심 쟁점은 두 가지였습니다.

1. 3년 미만 사용 토지 처분 시 법인세 부과: 원고는 해당 토지를 고유 목적 사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 주장하며 법인세 부과가 부당하다고 주장했습니다.
2. 장부가액 계산: 토지의 장부가액을 계산할 때, 기업회계상 평가차익을 반영해야 하는지, 그리고 비영리사업회계에서 수익사업회계로 자산이 전입될 때 시가를 적용해야 하는지가 문제였습니다.

대법원의 판단

대법원은 다음과 같이 판결했습니다.

1. 3년 미만 사용 토지 처분 시 법인세 부과

법인세법(법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항)은 비영리법인이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 고정자산을 처분하면 법인세를 부과하도록 규정하고 있습니다.  대법원은 법에는 "정당한 사유"가 있으면 예외로 한다는 규정이 없기 때문에, 토지를 사용하지 못한 이유가 무엇이든 간에 3년 이상 사용하지 않았다면 법인세를 내야 한다고 판단했습니다. (대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 참조) 즉, 정당한 사유는 고려 대상이 아니라는 것입니다.

2. 장부가액 계산

법인세법(법인세법 제41조 제1항 제1호, 법인세법 제42조 제1항, 구 법인세법 시행령 제19조 제2호)에 따르면, 자산의 장부가액은 세무회계 기준으로 계산해야 하며, 기업회계상 평가차익은 고려하지 않습니다. (대법원 2013. 5. 23. 선고 2010두28601 판결 참조)  비영리사업회계의 자산이 수익사업회계로 옮겨질 때에도 (법인세법 시행규칙 제76조 제4항)에 따라 시가가 아닌, 원래 취득가액을 기준으로 계산해야 합니다.

결론

대법원은 원고의 상고를 기각하고, 용산세무서장의 법인세 부과가 정당하다고 판결했습니다. 즉, 비영리법인이라도 3년 이상 사용하지 않은 토지를 처분하면 법인세를 내야 하고, 장부가액 계산 시 기업회계상 평가차익은 고려되지 않는다는 점을 명확히 한 판례입니다.

이번 판례를 통해 비영리법인의 토지 처분과 관련된 법인세, 그리고 장부가액 계산에 대한 이해를 높이는 데 도움이 되었으면 좋겠습니다.