사업자등록 말소 후에도 사업 계속하면 매입세액 공제 받을 수 있을까?

세무서에서 사업자등록을 말소했는데도 사업을 계속했다면 매입세액 공제를 받을 수 있을까요? 미등록 가산세는 어떻게 될까요? 오늘은 사업자등록 말소와 관련된 중요한 판례를 소개해드리겠습니다.

사건의 개요

원고는 사업자등록을 하고 사업을 운영해 왔습니다. 그런데 세무서(피고)는 내부 지침에 따라 원고의 사업자등록을 직권으로 말소하고 원고를 미등록 사업자로 분류했습니다. 그 결과, 원고는 매입세액 공제를 받지 못했고 미등록 가산세까지 부과받았습니다. 하지만 원고는 사업자등록 말소 후에도 계속 사업을 운영하며 매출과 매입을 발생시켰습니다. 이에 원고는 세무서의 처분에 불복하여 소송을 제기했습니다.

쟁점

• 사업자등록 말소 후 사업을 계속한 경우, 부가가치세법상 미등록 사업자로 보아 매입세액 공제를 거부하고 미등록 가산세를 부과할 수 있는지 여부

법원의 판단

대법원은 원고의 손을 들어주었습니다. 핵심 내용은 다음과 같습니다.

• 사업자등록을 하기 전의 매입세액이란 사업자가 등록 신청을 하기 전의 매입세액을 의미합니다 (부가가치세법 제17조 제2항 제5호). 이미 사업자등록을 했던 원고의 경우, 등록 말소 후 발생한 매입세액은 "사업자등록을 하기 전의 매입세액"에 해당하지 않습니다. 따라서 매입세액 공제를 받을 수 있습니다.
• 사업자등록 말소 후에도 사업을 계속했다고 해서 미등록 가산세(부가가치세법 제22조 제1항 제1호)를 부과할 수도 없습니다.
• 사업자등록은 사업 사실을 신고하는 제도입니다. 사업자가 폐업하거나 사업을 시작하지 않을 때 등록 말소를 신고하거나 세무서가 직권으로 말소할 수 있습니다. 원고처럼 사업을 계속하고 있는데 세무서가 직권으로 등록을 말소한 것은 정당한 조치가 아닙니다.

관련 법조항

• 부가가치세법 제5조 제1항 (사업자등록)
• 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 (매입세액 불공제)
• 부가가치세법 제22조 제1항 제1호 (미등록 가산세)

참고 판례

• 대법원 1983.6.14. 선고 81누416 판결
• 대법원 1983.7.26. 선고 83누228 판결
• 대법원 1984.7.10. 선고 83누656 판결
• 대법원 1988.3.8. 선고 87누156 판결

결론

사업자등록이 말소되었다 하더라도 사업을 계속한다면 매입세액 공제를 받을 권리가 있으며, 미등록 가산세 부과 대상도 아닙니다. 만약 부당하게 매입세액 공제를 거부당하거나 미등록 가산세를 부과받았다면 적극적으로 권리를 주장해야 합니다.