선교 병원의 세금, 면제될까? (취득세, 재산세, 사업소세)

선교 활동을 하는 비영리법인이 병원을 운영하면 세금은 어떻게 될까요? 취득세, 재산세, 사업소세 등을 내야 할까요? 오늘은 이 주제에 대한 대법원 판례를 소개해 드립니다. (대법원 1991.7.23. 선고 90누7654 판결)

사건의 개요

○○장로교선교회는 선교사업을 위해 △△기독병원을 운영하고 있었습니다. 이 병원은 1952년 설립되어 꾸준히 규모를 키워 종합병원이 되었습니다. 병원 운영은 해외 기독교 단체의 기부금과 일반 기부금으로 이루어졌습니다. 그런데 지방자치단체는 병원 건물에 대한 취득세, 재산세 등 지방세와 병원 운영에 대한 사업소세를 부과했습니다. 선교회는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

쟁점

1. 선교회가 운영하는 병원 건물에 취득세, 재산세, 도시계획세, 공동시설세가 면제되는가?
2. 병원 운영에 대한 사업소세가 면제되는가?

법원의 판단

1. 취득세, 재산세 등 면제 (적극)

법원은 의료법 시행령 부칙(1973.9.20. 대통령령 제686호) 제2항에 따라 선교회처럼 병원을 운영하는 비영리재단법인은 의료법인과 같은 법적 지위를 갖는다고 판단했습니다. 이에 따라 지방세법 시행령 제79조 제1항 제21호에서 규정하는 의료법인에 포함되어 취득세, 재산세, 도시계획세, 공동시설세가 면제된다고 보았습니다. (관련 법조항: 구 지방세법 제107조 제1호, 제184조 제1호, 제238조의2, 제242조, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제21호)

즉, 선교회가 병원 건물을 취득하고 운영하는 것은 공익을 위한 것이므로 세금을 면제받을 수 있다는 것입니다.

2. 사업소세 면제 (소극)

하지만 사업소세에 대해서는 다른 판단이 내려졌습니다. 지방세법 제245조의2 제1항 제1호는 비영리사업자의 수익사업에 대해서는 사업소세를 부과하도록 규정하고 있습니다. 법원은 선교회가 운영하는 병원이 수익을 내고 있다는 점을 인정했습니다. 비록 그 수익이 선교사업에 사용된다고 하더라도 수익성이 있다면 사업소세 과세 대상이 된다는 것입니다. 일부 극빈 환자에게 진료비 감면 혜택을 주는 것만으로는 수익사업의 성격을 부정할 수 없다고 판단했습니다. (관련 법조항: 지방세법 제245조의2 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호, 제207조)

결론

선교 목적의 비영리법인이 운영하는 병원이라도 취득세, 재산세 등은 면제되지만, 수익이 발생하는 병원 운영에 대해서는 사업소세를 납부해야 합니다. 이 판례는 비영리법인의 세금 면제 범위를 명확히 해주는 중요한 판례입니다.