세액 감면받은 기업, 다시 본점 이전하면 세금 추징될까?

오늘은 수도권 밖으로 이전해서 세금 감면을 받았던 중소기업이 다시 수도권으로 본점을 이전했을 때, 감면받았던 세금을 추징당하는지에 대한 대법원 판결을 살펴보겠습니다. (2014. 11. 27. 선고 2013두26869 판결)

사건의 개요

한 주얼리 회사(원고)는 2001년 서울에서 전북 남원으로 본점과 공장을 이전하여, 당시 조세특례제한법에 따라 2001년부터 2004년까지 법인세 감면 혜택을 받았습니다. 그런데 2006년 다시 본점을 서울로 이전하자 세무서에서는 감면받았던 세금과 이자를 납부하라고 안내했습니다. 이에 회사는 수정신고를 통해 세금과 이자를 납부했지만, 세무서에서는 추가 세금 납부를 요구했고, 결국 세금 추징과 가산세 부과 처분을 받게 되었습니다. 회사는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

쟁점

• 세무서의 세금 및 가산세 부과 처분이 정당한지 여부
• 세금 감면 후 본점을 재이전했을 때, 추징 규정 적용 여부

대법원의 판단

대법원은 조세특례제한법 개정 전에 이전한 기업에는 추징 규정을 적용할 수 없다고 판결했습니다.

판결 이유는 다음과 같습니다.

1. 조세특례제한법은 2001년 12월 29일 개정되면서, 감면 혜택을 받은 기업이 감면 기간 중 수도권에 공장이나 본사를 설치할 경우, 감면받았던 세금을 추징하는 규정(이 사건 추징규정)을 신설했습니다. (구 조세특례제한법 제63조 제2항, 제3항). 그러나 이 개정 조특법 부칙(제1조, 제13조)에 따르면, 이 규정은 2002년 1월 1일 이후 최초로 이전하는 기업부터 적용됩니다.

2. 원고는 법 개정 전인 2001년 7월에 이미 이전했으므로, 이 사건 추징규정이 적용되지 않습니다. 따라서 세무서의 세금 및 가산세 부과 처분은 위법합니다.

3. 신고납세방식의 조세에서 납세자가 신고를 했더라도, 그 신고행위가 법적 근거 없이 이루어진 경우에는 당연무효입니다. 따라서 원고의 수정신고는 무효이며, 이를 근거로 한 세무서의 징수 및 가산세 부과 처분 역시 위법합니다. (국세기본법 제45조)

참고 판례: 대법원 1992. 4. 28. 선고 91누13113 판결, 대법원 1995. 2. 3. 선고 94누910 판결

결론

이 판결은 법 개정 전후에 따라 추징 규정 적용 여부를 명확히 했다는 점에서 중요한 의미를 가집니다. 세액 감면 혜택을 받은 기업은 관련 법률 개정 시기와 적용 범위를 꼼꼼히 확인하여 불필요한 세금 추징을 당하지 않도록 주의해야 합니다.