양도소득세 냈는데, 나중에 사업소득으로 분류돼 종합소득세 내라고 하면 이중과세 아닌가요?

부동산을 팔고 양도소득세를 냈는데, 나중에 세무서에서 그 거래가 사업소득에 해당한다며 종합소득세를 내라고 하는 경우가 있습니다. 이미 양도소득세를 냈는데 또 세금을 내라고 하니 이중과세라고 생각될 수 있죠. 그런데 이미 납부한 양도소득세를 종합소득세에서 공제해준다면 어떨까요? 그럼에도 이중과세일까요? 오늘은 이와 관련된 법원의 판단을 살펴보겠습니다.

사례 소개

원고는 토지를 팔고 양도소득세를 신고·납부했습니다. 그런데 세무서에서는 나중에 이 토지 거래가 부동산 매매업의 일환이라며 사업소득으로 보고 종합소득세를 부과했습니다. 다행히 이미 납부한 양도소득세는 종합소득세에서 공제해 주었고, 납세고지서에도 그 내용이 기재되어 있었습니다.

원고는 그럼에도 불구하고 "이미 양도소득세를 냈는데, 종합소득세를 또 내라는 것은 이중과세"라고 주장하며 소송을 제기했습니다.

법원의 판단

법원은 종합소득세 부과가 정당하다고 판단했습니다. 핵심 논리는 다음과 같습니다.

• 양도소득세 부과처분 취소의 형식: 양도소득세 부과처분을 취소하는 데에는 특별한 형식이 필요하지 않습니다. 객관적으로 취소 의사를 알 수 있는 방법이면 충분합니다.
• 새로운 처분으로 인한 묵시적 취소: 세무서가 양도소득세 부과처분 후, 그 처분의 취소를 전제로 하는 새로운 처분(이 사례에서는 종합소득세 부과처분)을 했다면, 특별한 사정이 없는 한 당초의 양도소득세 부과처분은 취소된 것으로 봐야 합니다.
• 기납부세액 공제와 공제사실 기재: 이 사례에서 세무서는 종합소득세를 부과하면서 이미 납부한 양도소득세를 공제해 주었고, 납세고지서에 그 공제사실을 기재했습니다. 이는 양도소득세 부과처분을 취소한다는 의사를 명확히 표현한 것으로 볼 수 있습니다.
• 환급가산금 미공제의 영향: 비록 양도소득세 부과처분 취소에 따라 발생하는 환급가산금을 공제해주지 않았더라도, 양도소득세 부과처분이 취소되었다는 사실에는 변함이 없습니다.

즉, 세무서가 종합소득세를 부과하면서 기존에 납부한 양도소득세를 공제하고 그 사실을 명시했기 때문에, 이는 양도소득세 부과처분을 취소하는 의사표시로 인정되어 이중과세가 아니라는 것입니다.

관련 법조항 및 판례

• 국세징수법 제9조 (국세환급가산금)
• 구 국세기본법(1996. 12. 30. 법률 제5198호로 개정되기 전의 것) 제51조 제2항 (국세환급금의 충당과 환급)
• 대법원 1982. 12. 14. 선고 82누399 판결
• 대법원 1996. 10. 15. 선고 95누8119 판결
• 대법원 1997. 4. 8. 선고 96누15725 판결
• 대법원 1997. 6. 27. 선고 95누16288 판결

결론

양도소득세를 납부한 후 동일한 소득에 대해 종합소득세를 부과받는 경우라도, 기납부세액이 공제되고 그 사실이 명시되었다면 이중과세가 아닙니다. 이러한 경우에는 납세고지서의 내용을 꼼꼼히 확인하고, 필요한 경우 세무 전문가와 상담하는 것이 좋습니다.