인천국제공항공사의 법인세 및 부가가치세 분쟁: 토지 임대료, 건설비용, 도로 개설비용 등의 처리

인천국제공항공사와 인천세무서장 간의 법인세 및 부가가치세 과세표준 산정방법 등에 대한 분쟁에 대한 대법원 판결을 알기 쉽게 정리해 보았습니다.

이 사건은 인천국제공항공사(이하 "공항공사")가 토지 임대, 건설, 기부채납 등과 관련하여 발생한 세금 문제로 인천세무서장과 분쟁을 벌인 사건입니다. 대법원은 공항공사와 세무서장 양측의 주장을 일부씩 받아들였습니다.

1. 토지 임대료에 대한 법인세 및 부가가치세 계산

공항공사는 임차인들에게 공항 내 토지를 임대하고, 임차인들은 그 토지에 건물을 지어 사용한 후, 토지 사용 기간 만료 시 건물 소유권을 공항공사에 넘겨주기로 계약했습니다. 쟁점은 이때 건물 소유권 이전이 사실상의 임대료에 해당하는지, 그리고 그 가치를 어떻게 계산해야 하는지였습니다.

• 부가가치세: 대법원은 건물 소유권 이전이 사실상의 임대료 지급이 맞다고 판단했습니다. 따라서 부가가치세 계산 시, 현금으로 받은 토지 사용료에 더해 건물 시가를 더해야 한다고 보았습니다. (관련 조문: 구 부가가치세법 제13조 제1항, 참조 판례: 대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결)

• 법인세: 대법원은 건물 소유권 이전 시점의 건물 시가를 전체 토지 사용 기간으로 나누어, 각 사업연도에 해당하는 금액만큼 법인세 익금에 포함시켜야 한다고 판단했습니다. 원심은 현재가치로 할인해야 한다고 보았지만, 대법원은 미래 시점의 건물 시가를 그대로 사용해야 한다고 판단을 뒤집었습니다. (관련 조문: 구 법인세법 제40조 제2항, 제41조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제71조 제1항, 제72조 제1항)

2. 골프장 조성 비용에 대한 세금 처리

공항공사는 스카이72와 골프장 운영 계약을 맺었고, 스카이72는 골프장을 조성한 후 운영하고, 계약 기간 만료 후에는 골프장 시설 소유권을 공항공사에 넘겨주기로 했습니다. 쟁점은 스카이72가 지출한 골프장 조성 비용을 공항공사가 미리 받은 임대료(선수임대료)로 볼 수 있는지였습니다.

대법원은 골프장 조성 비용이 공항공사 토지의 가치를 높였으므로, 이는 선수임대료에 해당한다고 판단했습니다. 따라서 이 금액은 공항공사의 법인세 및 부가가치세 계산에 포함되어야 합니다. 계약 종료 후 골프장 부지를 다른 용도로 사용할 가능성이 있다는 원심의 판단은 받아들여지지 않았습니다. (관련 조문: 구 법인세법 제40조 제1항, 참조 판례: 대법원 2017. 3. 22. 선고 2016두51511 판결, 대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결)

3. 도로 개설 비용에 대한 세금 처리

공항공사는 공항 건설 당시 도로를 개설하고 이를 인천시에 기부채납하기로 했지만, 실제 기부채납은 지연되었습니다. 쟁점은 이 도로 개설 비용을 공항공사의 감가상각 대상 자산으로 볼 수 있는지였습니다.

대법원은 도로 개설로 공항 부지의 가치가 높아졌으므로, 도로 개설 비용은 공항 부지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 판단했습니다. 따라서 기부채납 지연 여부와 관계없이 감가상각 대상 자산으로 볼 수 없다고 판단했습니다. (관련 조문: 구 법인세법 제23조 제4항, 구 법인세법 시행령 제31조 제2항, 참조 판례: 대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결)

4. 기타 쟁점

이 외에도 수도시설이용권 취득가액, 가설건축물의 감가상각 대상 자산 여부, 기상시설 및 X-Ray 검색장비의 사용수익기부자산 해당 여부, 협력업체 특별성과금의 용역 대가 해당 여부, 건설본부 직원 명예퇴직금의 자산 취득가액 포함 여부 등에 대한 쟁점이 있었고, 대법원은 이에 대해서도 판단을 내렸습니다. 자세한 내용은 판결문을 참고하시기 바랍니다.