중소기업 조세특례, 어떤 법을 따라야 할까?

중소기업에 대한 세금 혜택! 누구나 관심 있는 주제죠. 하지만 관련 법이 바뀌면서 어떤 기준을 적용해야 하는지 헷갈리는 경우가 많습니다. 오늘은 중소기업 조세특례 적용 기준에 대한 중요한 판례를 소개해 드리겠습니다.

사례 소개

A 기업은 일본 법인 B가 발행주식 총수의 49%를 소유하고 있습니다. A 기업은 2008년 사업연도에 중소기업 조세특례를 적용받아 법인세를 감면받았습니다. 그런데 과세관청은 B의 자산총액이 5천억 원 이상이라는 이유로 A 기업이 중소기업 조세특례 적용 대상이 아니라고 판단, 세금 혜택을 취소하고 추가로 세금을 부과했습니다.

A 기업은 이에 불복하여 소송을 제기했습니다. 쟁점은 A 기업이 중소기업 조세특례를 받을 자격이 있는 '중소기업'에 해당하는지, 그리고 중소기업 여부를 판단할 때 어떤 법을 적용해야 하는지였습니다.

법원의 판단

1심과 2심 법원은 '중소기업기본법 시행령'을 기준으로 판단하여 A 기업에게 유리한 판결을 내렸습니다. 하지만 대법원의 판단은 달랐습니다.

대법원은 중소기업 조세특례 적용 대상 여부는 '조세특례제한법'과 그 시행령에 따라 판단해야 한다고 판시했습니다. 중소기업기본법령은 중소기업 육성 시책의 대상을 정하는 것이 목적이지만, 조세특례제한법은 조세 정책적인 목적에서 특례 대상을 별도로 정하고 있기 때문입니다.

즉, 중소기업기본법에서 중소기업으로 인정받더라도 조세특례제한법에서 정한 요건을 충족하지 못하면 세금 혜택을 받을 수 없다는 것입니다.

특히, 조세특례제한법은 중소기업 규모 확대 또는 법령 변경으로 중소기업 지위를 잃게 되는 경우 일정 기간 중소기업으로 인정하는 '유예 규정'을 두고 있는데, 이 규정의 요건과 기간 등도 중소기업기본법령과 다르게 규정되어 있다는 점을 지적했습니다.

관련 법조항

• (구)조세특례제한법 제5조
• (구)조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호, 제2항, 제5항
• (구)중소기업기본법 제2조
• (구)중소기업기본법 시행령 제3조

핵심 정리

중소기업 조세특례 적용 여부는 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단해야 합니다. 중소기업기본법에서 중소기업으로 인정받았더라도 조세특례제한법의 요건을 충족하지 못하면 세금 혜택을 받을 수 없습니다. 세금 혜택을 받기 위해서는 관련 법령을 꼼꼼히 확인하는 것이 중요합니다.