학교법인의 취득세·등록세 면제, 토지 '직접 사용'의 의미는?

학교법인이 운영하는 사립학교는 공익적인 목적을 위해 세금 혜택을 받습니다. 그 중 하나가 학교 운영에 필요한 부동산을 취득할 때 내는 취득세와 등록세를 면제받는 것입니다. 하지만 모든 토지 취득에 대해 무조건 면제되는 것은 아닙니다. 면제 혜택을 받으려면 해당 토지를 '직접 사용'해야 하는데요, 이 '직접 사용'의 의미가 무엇인지, 대법원 판례를 통해 자세히 알아보겠습니다.

사례: 한 학교법인(송강학원)이 학교 시설 건축 자금을 마련하기 위해 학교 부지가 아닌 다른 토지를 매각하고, 새로운 토지를 취득했습니다. 이 학교법인은 새로 취득한 토지도 교육용 기본재산에 포함되므로 취득세와 등록세를 면제받아야 한다고 주장했습니다.

쟁점: 과연 학교 시설 건축 자금 마련을 위해 취득한 토지도 '직접 사용'으로 볼 수 있을까요?

대법원의 판단: 대법원은 학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 토지를 '직접 사용'한다는 것은 해당 토지가 학교 교육 사업 그 자체에 직접적으로 이용되어야 한다고 판결했습니다. 즉, 학교 건물, 운동장, 체육관 부지처럼 실제로 학생들의 교육 활동에 사용되는 토지만 면제 대상이라는 것입니다.

단순히 교육용 기본재산에 편입되어 있다거나, 토지를 매각해 그 대금으로 학교 시설을 짓는 경우는 '직접 사용'에 해당하지 않습니다. 이번 사례처럼 학교 시설 건축 자금을 마련하기 위해 취득한 토지는 비록 장기적으로 학교 운영에 기여할 수는 있지만, 토지 자체가 교육 활동에 직접 사용되는 것이 아니므로 취득세와 등록세 면제 대상이 아니라는 것이죠.

관련 법 조항 및 판례:

• 구 지방세법(1991.12.14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 같은법시행령 제79조 제1항 제2호, 제94조 제1항: 교육을 목적으로 하는 학교법인이 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세·등록세를 부과하지 아니한다는 내용. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 취득·등기물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과한다는 단서 조항 포함.
• 대법원 1984.7.24. 선고 84누224 판결: 학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 토지를 그 사업에 직접 사용한다 함은 당해 토지의 사용 용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 의미한다고 판시.

이처럼 학교법인의 취득세 및 등록세 면제는 토지의 '직접 사용' 여부에 따라 결정됩니다. 따라서 학교법인은 토지 취득 전에 관련 법규와 판례를 꼼꼼히 확인하여 불필요한 세금 부담을 피해야 할 것입니다.