결손금 소급공제 환급 후 세금 재계산? 부과제척기간 지났다면 안 돼!

중소기업에겐 세금 부담을 줄여주기 위한 여러 가지 제도가 있는데요, 그중 하나가 바로 결손금 소급공제입니다. 회사가 손해를 본 경우 이전 사업연도의 이익에서 차감하여 세금을 돌려받는 제도죠. 그런데 이 결손금 소급공제로 환급받은 세금을 나중에 다시 계산해서 추가로 징수할 수 있을까요? 이번 판례에서는 **"부과제척기간이 지났다면 안 된다!"**라고 판단했습니다. 어떤 사례인지 자세히 알아볼까요?

사건의 발단

DK코퍼레이션(이하 "DK사")은 중소기업으로 2006년에 사업 손실(결손금)이 발생했습니다. 그래서 2005년에 냈던 법인세 중 일부를 돌려받았죠 (약 37억 원). 그런데 이후 DK사는 파산하게 되고, 파산관재인은 2005년 법인세를 다시 계산해달라고 요청했습니다. 법원의 화해권고결정으로 2005년 세금 계산이 달라졌기 때문이죠. 세무서는 이를 받아들여 DK사에 2005년 법인세와 가산금을 합쳐 약 40억 원을 환급해 줬습니다.

그런데 문제는 여기서 발생했습니다. 세무서는 "2005년 세금 계산이 달라졌으니, 이전에 돌려준 결손금 공제 환급액도 다시 계산해야 한다"면서 2006년에 돌려준 금액과 이자를 더해 약 75억 원을 다시 DK사에 내라고 고지한 것입니다.

법원의 판단: 부과제척기간 경과!

법원은 세무서의 처분이 잘못되었다고 판단했습니다. 핵심 논리는 부과제척기간입니다. 세금을 부과할 수 있는 기간이 정해져 있는데, 이 기간이 지나면 세금을 부과할 수 없다는 것이죠. 법원은 이 사건 처분이 2006년 법인세에 대한 부과 처분에 해당하는데, 이미 부과제척기간이 지났으므로 위법하다고 판단했습니다.

세무서는 DK사의 후발적 경정청구(이미 확정된 세금을 다시 계산해달라는 요청) 때문에 특례제척기간이 적용된다고 주장했지만, 법원은 이를 받아들이지 않았습니다. 후발적 경정청구의 대상과 이 사건 처분의 과세기간이 다르기 때문이죠. 또한, 세액공제 혜택을 조건으로 일정 의무를 이행하지 않은 경우에 적용되는 특례 규정 역시 이 사건에 적용될 수 없다고 판단했습니다.

관련 법조항

• 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제72조 (결손금의 공제) 제1항, 제3항, 제5항(현행 제72조 제5항 제1호 참조), 제6항(현행 제72조 제7항 참조)
• 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제110조 (결손금의 공제) 제5항(현행 제110조 제4항 참조), 제6항(현행 법인세법 제72조 제5항 제2호 참조)
• 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제51조 (국세환급금의 충당과 환급) 제8항(현행 제51조 제9항 참조)
• 구 국세기본법 시행령(2009. 2. 6. 대통령령 제21316호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 (부과제척기간의 기산일) 제1항 제1호, 제2항 제3호

핵심 정리

결손금 소급공제로 세금을 환급받았더라도, 이후 사정이 변경되어 세금을 다시 계산해야 하는 경우에도 부과제척기간이 지났다면 추가로 세금을 징수할 수 없습니다. 세금 계산은 정확하게 하는 것도 중요하지만, 정해진 기간 안에 처리하는 것도 중요하다는 것을 보여주는 판례입니다.