결손금 소급공제 후 환급세액 정정, 부과제척기간 경과했으면 위법!

중소기업이 결손금이 생겼을 때 세금을 돌려받을 수 있는 제도가 있습니다. 바로 결손금 소급공제입니다. 그런데 이 제도를 이용해서 세금을 돌려받았다가 나중에 문제가 생기는 경우가 있죠. 오늘은 이와 관련된 법원 판결을 소개해 드리겠습니다.

사건의 개요

DK코퍼레이션이라는 중소기업(이하 '원고')이 2006년에 결손금이 발생해서 2005년에 냈던 법인세 중 일부인 약 37억 원을 돌려받았습니다(이하 '이 사건 법인세 환급세액'). 그런데 나중에 원고가 파산하고, 파산관재인이 2005년 법인세 관련 소송에서 승소하면서 추가로 세금을 돌려받게 되었습니다.

이에 세무서에서는 "2005년 법인세가 줄어들었으니, 이전에 돌려준 결손금 공제액도 줄어야 한다"며 원고에게 이 사건 법인세 환급세액과 이자를 합쳐 약 75억 원을 2006년 법인세로 다시 내라고 고지했습니다(이하 '이 사건 법인세 처분'). 덩달아 강남구청에서도 2006년 법인지방소득세 약 9억 원을 다시 내라고 고지했습니다(이하 '이 사건 처분').

법원의 판단

법원은 세무서의 처분이 잘못되었다고 판결했습니다.

세무서가 과다 환급된 세액을 돌려받으려면 2006년 법인세를 다시 계산해서 고지해야 하는데, 이미 부과제척기간(세금을 부과할 수 있는 기간)이 지났다는 것입니다.

관련 법 조항

• 구 법인세법 제72조(결손금의 공제) 제1항, 제3항, 제5항(현행 제72조 제5항 제1호 참조), 제6항(현행 제72조 제7항 참조)
• 구 법인세법 시행령 제110조 제5항(현행 제110조 제4항 참조), 제6항(현행 법인세법 제72조 제5항 제2호 참조)
• 구 국세기본법 제51조 제8항(현행 제51조 제9항 참조)

법원은 이 사건 법인세 처분은 2006년 법인세의 부과 및 징수 처분에 해당한다고 보았습니다. 즉, 세무서가 과다 환급액을 돌려받으려면 2006년 법인세를 다시 계산(경정)해서 고지해야 하는데, 이는 새로운 세금 부과와 마찬가지라는 것입니다. 따라서 부과제척기간이 적용된다고 판단했습니다.

또한, 세무서는 원고가 세금 환급을 신청할 때 부정행위를 했다고 주장하며 장기부과제척기간(부정행위가 있을 경우 부과제척기간이 늘어나는 것)을 적용해야 한다고 주장했지만, 법원은 이를 받아들이지 않았습니다.

이 판결은 결손금 소급공제 후 세액을 정정하는 경우에도 부과제척기간이 적용된다는 것을 명확히 한 사례입니다. 세금 환급과 관련된 분쟁에서는 부과제척기간과 관련 법 조항을 꼼꼼히 확인하는 것이 중요합니다.