계열사 신주인수와 세무조사의 범위에 대한 대법원 판결 해설

안녕하세요, 오늘은 계열사 간 신주 인수와 세무조사 범위에 대한 흥미로운 대법원 판결을 소개하려고 합니다. 복잡한 법률 용어를 빼고 쉽게 설명해 드릴 테니 잘 따라와 주세요!

1. 계열사 신주, 비싸게 사도 괜찮을까?

현대중공업은 계열사인 현대우주항공의 신주를 시가보다 비싸게 샀습니다. 국세청은 이를 부당행위로 보고 세금을 더 부과했는데요, 현대중공업은 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

쟁점은, 계열사 신주를 시가보다 비싸게 사는 것이 "자산을 시가보다 높은 가액으로 매입"하는 것과 같은지, 즉 부당행위계산부인 대상인지 여부였습니다. (구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호, 제9호)

대법원은 "아니다"라고 판결했습니다. 주식 인수는 자산 매입과는 다르다는 것이죠. 비록 시가보다 비싸게 샀더라도, 이것만으로는 세금을 더 물릴 수 없다고 판단했습니다. (대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두23488 판결 참조)

2. 같은 기간, 같은 세금, 다시 조사해도 될까?

현대중공업은 2000년 사업연도에 대해 세무조사를 받았습니다. 그런데 국세청은 현대우주항공 주식 변동 내용을 확인한다는 이유로 2000년 사업연도에 대해 다시 세무조사를 실시했고, 추가로 세금을 부과했습니다.

문제는 이것이 구 국세기본법 제81조의3 제2항(현행 제81조의4 제2항 참조)이 금지하는 재조사에 해당하는지 여부였습니다. 앞선 세무조사에서 해당 내용을 조사하지 않았더라도, 같은 세목, 같은 기간에 대해 다시 조사하는 것은 원칙적으로 금지됩니다.

대법원은 이를 재조사로 판단하고, 국세청의 세금 부과 처분을 위법하다고 보았습니다. 이전 세무조사에서 해당 항목을 조사하지 않았더라도, 같은 기간에 대해 다시 조사하는 것은 허용되지 않는다는 것입니다. (대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조) 다만, 예외적으로 처음 세무조사 당시 모든 항목을 조사하는 것이 불가능했던 특별한 사정이 있는 경우에는 재조사가 허용될 수 있다는 점도 명확히 했습니다.

3. 판결의 의미

이번 판결은 계열사 간 신주 인수에 대한 부당행위계산부인 여부와 세무조사의 범위에 대한 중요한 기준을 제시했다는 점에서 의미가 있습니다. 기업들은 계열사와의 거래 시 이러한 판례를 참고하여 세무 리스크를 관리할 필요가 있겠습니다.