계열사 간 공동연구개발, 부가세 매입세액 공제는 어디까지?

현대자동차와 기아자동차처럼 같은 기업집단에 속한 계열사끼리 공동연구개발을 진행하는 경우가 많습니다. 이때 연구개발 비용은 어떻게 분담하고, 부가가치세는 어떻게 처리해야 할까요? 최근 대법원 판례를 통해 살펴보겠습니다.

사건의 개요

현대자동차(이하 '현대차')는 기아자동차와 공동연구개발 약정을 맺고, 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 연구개발 비용을 분담했습니다. 연구개발 비용에는 인건비 등 내부 비용과 외부 연구비가 포함되었고, 외부 연구비에는 부가가치세 과세 대상과 면세 대상 지출이 모두 섞여 있었습니다.

현대차는 연구비 중 부가가치세 과세 대상 지출에 대한 매입세액을 전액 공제하여 부가가치세를 신고·납부했습니다. 그러나 세무서는 과세 대상 지출만을 기준으로 현대차의 분담 비율을 초과하는 금액에 대한 매입세액 공제를 불허했습니다. 초과 금액은 사업과 직접 관련 없는 지출이라는 이유였습니다.

쟁점

과연 세무서의 처분이 정당한가 하는 것이 쟁점이었습니다. 현대차는 전체 공동경비 또는 면세 대상 지출까지 포함한 연구비를 기준으로 분담 비율을 계산해야 하며, 따라서 매입세액 전액을 공제받아야 한다고 주장했습니다.

대법원의 판단

대법원은 세무서의 손을 들어줬습니다. 부가가치세 매입세액은 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 공급받는 자에게 매출세액 형태로 전가하는 경우에만 공제 가능합니다. 사업과 관련 있는 지출이라도 부가가치세 과세 대상이 아니라면 매입세액 자체가 발생하지 않으므로 공제 여부를 논할 수 없습니다.

관련 법령([구 부가가치세법](2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조, [구 부가가치세법 시행령](2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제60조 제3항, [구 법인세법 시행령](2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제48조 제1항 제2호 (가)목)에 따라 계열사 간 공동경비 분담 시 매입세액 공제 기준은 부가가치세 과세 대상 지출에 한정됩니다. 따라서 현대차처럼 내부 비용이나 면세 대상 지출까지 포함하여 계산하는 것은 부당합니다.

결론

계열사 간 공동연구개발 시 부가가치세 매입세액 공제는 과세 대상 지출을 기준으로 계산해야 합니다. 내부 비용이나 면세 대상 지출은 고려 대상이 아니라는 점을 기억해야 합니다. 이번 판례는 계열사 간 거래에서 부가가치세 처리에 대한 명확한 기준을 제시했다는 점에서 의의가 있습니다.