공장 이전 세금 면제, 언제 기준으로 볼까요?

대도시 공장을 지방으로 이전하면 세금 혜택을 주는 제도가 있습니다. 바로 양도소득세와 특별부가세를 면제해주는 것인데요. 그런데 공장 부지가 너무 넓으면 면제 혜택을 다 받지 못할 수도 있습니다. 얼마나 넓으면 혜택을 못 받는지, 그리고 그 기준을 언제 시점으로 판단해야 하는지가 이번 판례의 핵심입니다.

사건의 개요

대전에서 공장을 운영하던 회사가 사업 확장을 위해 논산으로 공장을 이전하기로 했습니다. 대전의 공장 부지를 팔면서 세금 면제를 신청했는데, 세무서는 일부 면적에 대해서는 면제 혜택을 주지 않았습니다. 그 이유는 공장 부지의 일부가 '공장입지기준면적'을 초과했기 때문입니다. 쟁점은 이 '기준면적 초과' 여부를 판단하는 기준 시점이었습니다.

회사는 매매계약 체결 시점을 기준으로 해야 한다고 주장했습니다. 계약 당시에는 공장 부지가 기준면적 이내였고, 그 이후에 도시계획 변경으로 용도지역이 바뀌면서 기준면적을 초과하게 되었기 때문입니다. 회사는 용도 변경으로 인한 이익을 본 것도 아니라고 항변했습니다.

그러나 세무서는 소유권 이전 등기 접수일을 기준으로 면적을 판단해야 한다고 주장했습니다. 등기 접수일 당시에는 이미 용도지역이 바뀌어 기준면적을 초과한 상태였기 때문에 세금 면제 혜택을 줄 수 없다는 것이었습니다.

법원의 판단

대법원은 세무서의 손을 들어줬습니다. 관련 법령(구 조세감면규제법 제42조 제2항, 구 조세감면규제법시행령 제36조 제6항, 구 조세감면규제법시행규칙 제13조의2 제1호, 구 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호)에 따르면, 공장입지기준면적 초과 여부는 양도 시점, 즉 소유권 이전 등기 접수일을 기준으로 판단해야 한다는 것입니다.

특별부가세는 양도소득세와 마찬가지로 양도를 통해 발생한 이익에 부과되는 세금이기 때문에, 양도 시점이 중요합니다. 또한, 법에서는 면적 초과에 대한 면제 배제 여부를 판단할 때 양도인의 의사나 투기 여부는 고려하지 않습니다. 따라서 회사의 주장처럼 매매계약 시점을 기준으로 할 수는 없다는 것이 대법원의 판단입니다. (대법원 1995. 3. 24. 선고 94누6871 판결 등 참조)

핵심 정리

• 대도시 공장을 지방으로 이전하면 양도소득세와 특별부가세 면제 혜택을 받을 수 있습니다.
• 하지만 공장 부지 면적이 '공장입지기준면적'을 초과하면 초과분에 대해서는 면제 혜택을 받을 수 없습니다.
• '공장입지기준면적 초과' 여부는 소유권 이전 등기 접수일을 기준으로 판단합니다. 매매계약 시점이 아닙니다.
• 양도인의 의사나 투기 여부는 고려 대상이 아닙니다.

이 판례는 세금 면제 혜택을 받으려는 기업들에게 중요한 기준을 제시하고 있습니다. 공장 이전을 계획하고 있다면, 관련 법령과 판례를 꼼꼼히 확인하여 불이익을 받지 않도록 주의해야겠습니다.