공항철도 건설과 부가가치세 영세율 적용

인천공항철도 건설처럼 국가에 기부채납하는 사회기반시설 사업에도 부가가치세 영세율 혜택을 받을 수 있을까요? 오늘은 이와 관련된 흥미로운 판례를 소개해드리겠습니다.

민간 기업이 공항철도와 같은 사회기반시설을 건설하고 국가에 기부채납한 후, 일정 기간 운영권을 받는 경우가 있습니다. 이때 기업은 건설 과정에서 발생한 부가가치세 매입세액을 환급받을 수 있을까요? 특히, 이후 운영하게 될 여객운송사업이 부가가치세 면제 대상이라면, 건설 과정에서 발생한 부가가치세에 대해서도 영세율 혜택을 적용받을 수 있을지가 쟁점이 됩니다.

이번 사례는 인천국제공항철도 건설 사업과 관련된 것입니다. 해당 기업은 철도 시설을 건설하여 국가에 기부채납하고, 그 대가로 일정 기간 운영권을 확보했습니다. 이 과정에서 발생한 부가가치세 매입세액에 대해 영세율을 적용받을 수 있는지가 문제 되었죠.

법원은 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전) 제105조 제1항 제3의2호를 근거로, 사회기반시설을 국가에 기부채납하는 사업은 영세율 적용 대상이라고 판단했습니다. 핵심은 이 조항이 '부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적'을 요건으로 하고 있지 않다는 점입니다. 즉, 이후 운영할 사업이 부가가치세 면제 대상이라 하더라도, 기부채납 자체가 구 사회간접자본시설에 대한 민간투자법(2005. 1. 27. 법률 제7386호 사회기반시설에 대한 민간투자법으로 개정되기 전) 제4조 제1호의 방식에 따른 것이라면 영세율을 적용받을 수 있다는 것입니다. (현행 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 참조)

결론적으로, 해당 기업은 공항철도 건설 과정에서 발생한 부가가치세 매입세액을 환급받을 수 있게 되었습니다. 이 판례는 사회기반시설 건설 사업에 대한 세제 지원 측면에서 중요한 의미를 갖는다고 볼 수 있습니다.