과점주주가 영업양수도로 자산 취득 시 이중과세 문제

과점주주가 회사 주식을 취득할 때 내는 간주취득세와 이후 영업양수도로 회사 자산을 실제 취득할 때 내는 취득세 사이의 이중과세 문제에 대해 살펴보겠습니다.

사건의 개요

원고는 주식회사의 주식을 취득하여 과점주주가 되었고, 그에 따라 회사 자산을 취득한 것으로 간주되어 간주취득세를 납부했습니다. 이후 원고는 해당 회사의 자산 전체를 영업양수도 방식으로 인수하며 다시 취득세를 납부했습니다. 원고는 이중으로 세금을 낸 것이 부당하다며 이미 납부한 간주취득세 상당액을 돌려달라는 소송을 제기했습니다.

쟁점

1. 간주취득세를 납부한 과점주주가 영업양수도로 회사 자산을 취득한 경우, 간주취득세 상당액이 이중과세에 해당하는지 여부
2. 신고납부 방식의 취득세에서 납세자가 신고·납부한 세액이 부당이득인지 판단하는 기준
3. 위 사례에서 원고의 취득세 신고가 당연무효인지, 이중납부된 세액이 부당이득인지 여부

법원의 판단

1. 이중과세 인정: 법원은 간주취득세는 과점주주가 실제 자산을 취득하지 않았더라도 자산에 대한 처분권과 관리권을 가진 것으로 보아 부과하는 세금이라고 설명했습니다. 따라서 과점주주가 이후 영업양수도로 실제 자산을 취득하면 간주취득세 상당액은 이중과세에 해당합니다. (대법원 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결 등 참조)

2. 부당이득 반환 기준: 취득세는 신고납부 방식의 조세이므로, 납세자의 신고로 납세의무가 확정됩니다. 따라서 신고에 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효가 아닌 이상, 납부한 세액은 부당이득이라고 볼 수 없습니다. 신고의 당연무효 여부는 관련 법규의 목적, 신고 경위 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 합니다. (대법원 1995. 12. 5. 선고 94다60363 판결 등 참조)

3. 원고의 신고는 당연무효가 아님: 원고의 경우, 과세관청의 개입 없이 스스로 취득세를 신고·납부했고, 이중과세 여부에 대한 법 해석상 논란의 여지가 있습니다. 따라서 원고의 신고는 단순한 법률 해석의 오류에 의한 것으로, 중대하고 명백한 하자가 있다고 보기 어렵습니다. 따라서 이중납부된 세액은 부당이득이 아닙니다.

관련 법 조항

• 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제105조 제6항, 제111조 제4항, 제120조 제1항
• 구 지방세법(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제111조 제1항, 제120조 제1항
• 민법 제741조

결론

과점주주의 간주취득세와 영업양수도에 따른 취득세 사이의 이중과세 문제는 복잡한 법리적 판단이 필요합니다. 이러한 상황에 처한 경우, 전문가의 도움을 받아 정확한 세액을 납부하고 불이익을 받지 않도록 주의해야 합니다.