교회 부지 3년 내 사용 못했어도 취득세 면제? 정당한 사유는 무엇일까요?

비영리단체가 사업 목적으로 부동산을 취득하면 취득세가 면제되는 경우가 있습니다. 하지만 3년 안에 실제로 사용하지 않으면 면제받은 취득세를 다시 내야 할 수도 있는데요. 이번에는 교회가 부지를 3년 내 사용하지 못한 상황에서 취득세 면제를 둘러싼 법적 분쟁에 대해 알아보겠습니다.

취득세 면제와 3년의 기한, 그리고 '정당한 사유'

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 제1호 및 본문 단서(현행 지방세특례제한법 제50조 참조)는 비영리사업자가 사업에 직접 사용할 부동산을 취득하면 취득세를 면제해주지만, 취득일로부터 3년 이내에 '정당한 사유' 없이 사용하지 않으면 취득세를 부과하도록 규정하고 있습니다.

그렇다면 '정당한 사유'란 무엇일까요? 단순히 비영리사업자 내부의 사정만을 의미하는 것은 아닙니다. 법령에 의한 금지나 제한처럼 사업자가 어쩔 수 없는 외부적 사유는 물론, 정상적인 노력을 기울였음에도 시간이 부족했던 내부적 사유까지 포함합니다.

대법원, '정당한 사유'의 판단 기준 제시 (대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 참조)

대법원은 '정당한 사유'를 판단할 때는 비영리사업의 공익성, 부동산 취득 목적, 준비기간, 법령상 또는 사실상의 장애 여부, 사업자의 노력 등을 종합적으로 고려해야 한다고 판시했습니다.

사찰의 민원으로 공사 중단된 교회, 취득세 면제될까?

이번 사례에서는 교회가 토지를 취득하고 교회 건물을 신축하려 했지만, 인근 사찰의 민원과 시위로 공사가 중단되었습니다. 구청은 사찰과의 합의를 요구했고, 교회는 오랜 협의 끝에 합의를 이루었지만 설계 변경과 재허가 등으로 시간이 지체되었습니다. 결국 3년 내에 교회 건물을 짓지 못하게 되자 구청은 취득세를 부과했고, 이에 교회는 소송을 제기했습니다.

법원의 판단 : 사찰의 민원, '정당한 사유'로 인정

법원은 교회가 토지를 취득한 후 교회 건물을 짓기 위해 노력했지만, 사찰의 민원이라는 예상치 못한 장애로 인해 3년 내 사용하지 못한 것에는 '정당한 사유'가 있다고 판단했습니다. 특히 구청이 사찰과의 합의를 요구하고, 합의 내용 이행을 건축 허가 조건으로 내건 점도 교회에 불리하게 작용한 것으로 보았습니다. 따라서 교회는 취득세 면제 혜택을 유지할 수 있었습니다.

이번 판례는 비영리사업자가 부동산을 취득한 후 예상치 못한 외부적 요인으로 3년 내 사용하지 못하는 경우, '정당한 사유'를 폭넓게 인정해야 한다는 점을 보여줍니다. 다만, 각 사안의 구체적인 상황에 따라 판단이 달라질 수 있으므로 주의가 필요합니다.