비영리단체의 취득세 면제, 알고보면 함정?!

비영리단체는 고유업무에 사용할 부동산을 취득할 때 취득세가 면제되는 혜택이 있습니다. 하지만 함정이 숨어있다는 사실, 알고 계셨나요? 오늘은 취득세 면제와 관련된 중요한 판례를 통해 그 함정에 대해 자세히 알아보겠습니다.

사건의 개요

한 문화재단(원고)이 미술관 건립을 목적으로 토지를 기증받았습니다. 지방세법에 따라 미술관 건립은 재단의 고유업무에 해당하므로, 취득세가 면제되었죠. 그런데 재단은 토지 취득 후 1년 내에 미술관을 짓지 못했습니다. 알고 보니, 해당 토지는 경사가 심하고 주변 개발 상태 때문에 건축 허가를 받을 수 없었던 것입니다. 이에 관할 구청(피고)은 "1년 내 고유업무에 사용하지 않았다"며 면제받았던 취득세를 다시 내라고 요구했습니다. 재단은 억울함을 호소하며 소송을 제기했는데요, 과연 결과는 어떻게 되었을까요?

쟁점 및 법원의 판단

이 사건의 핵심 쟁점은 **"재단이 1년 내 미술관을 건립하지 못한 데에 '정당한 사유'가 있는가?"**입니다. 지방세법([구] 지방세법 제288조 제2항 단서, 현행 지방세특례제한법 제53조 참조)은 정당한 사유 없이 1년 내 고유업무에 사용하지 않으면 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있기 때문입니다.

1심과 2심 법원은 재단의 손을 들어주었습니다. 재단이 토지 취득 당시 건축 불가 사유를 몰랐고, 관련 전문가의 검토를 거쳐야만 알 수 있는 사항이었기 때문에 '정당한 사유'에 해당한다고 본 것이죠.

그러나 대법원의 판단은 달랐습니다. 대법원은 비록 재단이 구체적인 법령상 장애사유를 몰랐더라도, 조금만 주의를 기울였다면 그러한 장애사유가 존재한다는 것을 알 수 있었다고 판단했습니다. 토지 취득 목적이 미술관 건립이었고, 토지의 현황이 임야였던 점을 고려하면 개발행위 허가가 필요하다는 사실은 쉽게 예상할 수 있었다는 것이죠. 따라서 취득 전에 미리 관련 법령 및 인허가 가능성을 확인하지 않은 것은 재단의 책임이라고 보았습니다. (대법원 1998. 7. 10. 선고 98두7626 판결, 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 참조)

결국 대법원은 원심 판결을 파기하고 사건을 다시 심리하도록 돌려보냈습니다.

핵심 정리

• 비영리단체의 취득세 면제는 고유업무에 실제 사용하는 것을 전제로 합니다.
• 1년 내 사용하지 못한 데에는 **'정당한 사유'**가 있어야 면제 혜택을 유지할 수 있습니다.
• '정당한 사유'는 단순히 몰랐다는 사실만으로 인정되지 않습니다. 취득 전에 충분히 주의를 기울였는지가 중요한 판단 기준입니다.
• 부동산 취득 전, 관련 법령 및 인허가 가능성 등을 꼼꼼히 확인하는 것이 중요합니다.

이번 판례는 비영리단체가 취득세 면제 혜택을 받기 위해서는 단순히 고유업무에 사용할 목적만으로는 부족하며, 취득 전에 충분한 사전 검토가 필수적임을 보여줍니다. 취득세 면제, 알고 보면 함정이 숨어있으니 주의하시기 바랍니다!