법인세와 근로소득세, 따로따로 불복해야 할까? 그리고 세금 부과 취소 소송, 얼마나 취소될까?

회사를 운영하다 보면 세금 문제는 피할 수 없는 숙제와 같습니다. 특히 세무서에서 예상치 못한 세금 부과 처분을 받게 되면 당황스럽고 억울한 마음이 들 수 있습니다. 이럴 때는 어떻게 대처해야 할까요? 오늘은 법인세와 근로소득세 부과 처분에 대한 불복 절차와 세금 부과 취소 소송의 범위에 대해 알아보겠습니다.

1. 법인세 불복과 근로소득세 불복, 별개로 진행해야 한다!

만약 회사에 대한 법인세와 대표이사에 대한 근로소득세가 동시에 부과되었는데, 두 세금 모두 동일한 회사 소득에 근거한 것이라면 어떨까요? 법인세에 대한 불복이 근로소득세에도 자동으로 영향을 미칠까요?

안타깝게도 그렇지 않습니다. 법인세와 근로소득세는 각각 독립된 별개의 처분입니다. 따라서 법인세 부과 처분에 불복하기 위해 심사청구나 심판청구를 했다고 하더라도, 근로소득세 부과 처분에 대해서는 별도로 불복 절차를 진행해야 합니다.

이는 대법원 판례(대법원 1985. 11. 12. 선고 85누139 판결)에서도 확인된 내용입니다. 법인세에 대한 불복이 근로소득세에 영향을 미치려면, 두 처분이 단계적·발전적 과정에서 이루어진 경우처럼 서로 관련이 있거나, 위법 사유가 공통된 경우 등 특별한 사정이 있어야 합니다 (국세기본법 제55조, 제56조, 행정소송법 제18조 제2항, 제3항, 제20조 참조). 하지만 단순히 동일한 소득에 근거한다는 사실만으로는 이러한 특별한 사정에 해당한다고 볼 수 없습니다. (대법원 1992. 9. 8. 선고 92누4383 판결, 대법원 2000. 9. 26. 선고 99두1557 판결 참조)

2. 세금 부과 취소 소송, 정당한 세액을 넘는 부분만 취소된다!

세무서의 세금 부과 처분에 불복하여 소송을 제기하는 경우, 법원은 부과된 세금 전체가 아니라 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소합니다. 즉, 세무서가 잘못 계산해서 더 많은 세금을 부과했다면, 그 초과분만 돌려받을 수 있습니다.

소송 과정에서 납세자는 변론이 끝날 때까지 정당한 세액이 얼마인지 입증할 자료를 제출할 수 있습니다. 법원은 제출된 자료를 바탕으로 정당한 세액을 계산하고, 그 금액을 초과하는 부분에 대해서만 취소 판결을 내립니다 (행정소송법 제19조 참조). 이 원칙은 대법원 판례(대법원 1991. 4. 12. 선고 90누8459 판결, 대법원 1992. 7. 24. 선고 92누4840 판결, 대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결 등)에서도 일관되게 유지되고 있습니다.

세금 문제는 복잡하고 어려울 수 있지만, 정확한 법리와 판례를 이해하면 좀 더 효과적으로 대처할 수 있습니다. 위 내용을 참고하여 세금 문제에 슬기롭게 대응하시기 바랍니다.