비영리단체 부동산 취득세 감면, 2년 후 매각해도 괜찮을까?

비영리단체가 공익사업을 위해 부동산을 취득할 때 취득세와 등록세를 감면받는 경우가 있습니다. 그런데 만약 2년 뒤에 그 부동산을 매각한다면 어떻게 될까요? 감면받았던 세금을 다시 내야 할까요? 오늘은 이와 관련된 법원의 판단을 살펴보겠습니다.

사례 소개

한 종교단체(원고)가 공익사업 목적으로 부동산을 취득하면서 지방세법에 따라 취득세와 등록세를 감면받았습니다. 그 후 2년이 지나 해당 부동산을 임대하여 수익을 얻기 시작했습니다. 이에 지자체(피고)는 "수익사업에 사용했으니 감면받은 세금을 돌려달라"며 세금을 부과했습니다.

쟁점

2년 이상 공익사업에 사용한 후 매각하거나 임대하는 경우, 처음에 감면받았던 취득세와 등록세를 다시 내야 하는가?

법원의 판단

대법원은 지자체의 과세 처분이 잘못되었다고 판단했습니다.

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조와 제127조는 비영리사업자가 공익사업에 사용할 부동산을 취득할 때 취득세와 등록세를 감면해주는 규정을 두고 있습니다. 다만, 수익사업에 사용하거나, 일정 기간 공익사업에 사용하지 않으면 감면받은 세금을 추징한다는 단서 조항도 있습니다.

대법원은 이 단서 조항을 법의 취지와 목적에 맞게 해석해야 한다고 강조했습니다. 비영리사업자가 부동산을 취득한 후 바로 매각하는 것을 방지하기 위해 일정 기간(2년) 공익사업에 사용하도록 유예기간을 주는 것이지, 2년 후에 매각하거나 임대한다고 해서 무조건 세금을 추징하는 것은 아니라는 것입니다. 즉, 2년 이상 공익 목적으로 사용했다면 그 이후의 사용 용도는 과세 여부를 결정하는 데 영향을 미치지 않는다고 본 것입니다.

(관련 법 조항: 구 지방세법 제107조, 제127조, 구 지방세법 시행령 제78조의2 제1항, 제93조의2. 현행 지방세특례제한법 및 동법 시행령 참조)

결론

비영리단체가 공익사업 목적으로 취득한 부동산을 2년 이상 해당 용도로 사용했다면, 이후 매각이나 임대 등으로 수익을 얻더라도 처음에 감면받았던 취득세와 등록세를 다시 납부할 필요는 없습니다. 이 판례는 비영리단체의 공익활동을 보장하는 데 중요한 의미를 가진다고 할 수 있습니다.