비영리법인의 법인세, 어디까지 내야 할까? - 수협중앙회 사례 분석

수협중앙회가 세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송에서 대법원이 일부 승소 판결을 내렸습니다. 이번 판결은 비영리법인의 법인세 납세의무 범위에 대한 중요한 기준을 제시하고 있어, 자세히 살펴볼 필요가 있습니다.

쟁점 1: 과소신고가산세 계산 시 손금추인액은 어떻게 처리해야 할까?

수협중앙회는 장기보험 계약 시 발생한 사업비(신계약비)를 일시에 비용 처리했는데, 세무서는 이를 보험료 납입기간에 걸쳐 안분해야 한다며 손금불산입하고, 동시에 안분된 금액을 각 사업연도별로 손금추인했습니다. 그런데 문제는 과소신고가산세 계산에서 발생했습니다. 세무서는 손금추인된 금액도 '과세표준이 되지 아니하는 금액'에 포함하여 가산세를 계산했는데, 수협중앙회는 이에 이의를 제기한 것입니다.

• 대법원의 판단: 손금추인된 금액도 '과세표준이 되지 아니하는 금액'에 포함된다고 판단했습니다. 즉, 당초 잘못 신고하여 과세표준이 부풀려진 부분은 가산세 계산에서 제외해야 한다는 취지입니다. 이는 성실신고 유도라는 가산세의 목적에 부합하는 해석입니다.

• 관련 법조항: 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전) 제76조 제1항 제2호, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전) 제118조 제2항, 제3항

• 참조 판례: 대법원 2005. 7. 29. 선고 2003두10282 판결

쟁점 2: 비영리법인의 고유목적사업 관련 대여금에 대한 세무조정은 정당한가?

수협중앙회는 소속 조합에 현금자동인출기(ATM) 설치비를 무이자로 대여했습니다. 세무서는 이를 업무무관 가지급금 및 부당행위계산부인으로 보아 법인세를 부과했는데, 수협중앙회는 ATM 설치 지원이 고유목적사업에 해당하므로 세무조정 대상이 아니라고 주장했습니다.

• 대법원의 판단: 수협중앙회의 손을 들어주었습니다. 비영리법인의 고유목적사업을 위한 지출은 수익사업과 별개로 보아야 하며, 부당행위계산부인이나 업무무관 가지급금 규정은 수익사업에 한하여 적용된다는 것입니다. ATM 설치 지원은 수협중앙회 정관에 명시된 고유목적사업에 해당하므로, 이에 대한 세무조정은 부당하다고 판결했습니다.

• 관련 법조항: 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전) 제3조, 제28조 제1항 제4호 (나)목, 제29조, 제52조, 제113조, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전) 제53조, 제56조, 제61조, 제88조, 제156조, 법인세법 시행규칙 제76조

• 참조 판례: 대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결, 대법원 2007. 9. 20. 선고 2006두1647 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결

결론

이번 판결은 비영리법인의 법인세와 관련하여 과세당국과 납세자 간의 오랜 논쟁에 중요한 이정표를 제시한 것으로 평가됩니다. 특히 비영리법인의 고유목적사업 관련 활동에 대한 과세 범위를 명확히 함으로써, 비영리법인의 활동을 보장하고 건전한 발전을 도모할 수 있을 것으로 기대됩니다.