오늘은 사립학교법인이 소유 토지를 양도할 때 발생하는 특별부가세와 관련된 중요한 판례를 소개해드리겠습니다. 이번 판례는 특별부가세 면제 신청과 양도차익 계산 방법에 대한 법적인 해석을 다루고 있어, 관련된 분들에게 큰 도움이 될 것입니다.
1. 특별부가세 면제는 신청해야 받을 수 있다!
사립학교법인이 교육 목적으로 토지를 양도할 경우, 특별부가세를 면제받을 수 있습니다. 하지만 이 면제 혜택은 자동으로 적용되는 것이 아닙니다. 반드시 법인세 신고 기간 내에 특별부가세 면제 신청서를 제출해야 합니다. 신청서를 제출하지 않으면, 면제 혜택을 받을 수 없다는 점을 명심해야 합니다. (관련 법률: 구 조세감면규제법 제67조의3 제1항 제1호, 제4항, 구 조세감면규제법시행령 제55조의3 제4항, 법인세법 제26조 / 참조 판례: 대법원 1989.7.25. 선고 88누10794 판결, 1990.4.27. 선고 89누7351 판결, 1994.7.29. 선고 93누9705 판결)
2. 양도차익 계산, 법령 해석이 잘못되면 무효!
토지 양도로 발생하는 차익을 계산할 때, 양도가액이나 취득가액 둘 중 하나라도 불분명하면 어떻게 해야 할까요? 과거 법인세법 시행령에서는 불분명한 가액을 특정 산식으로 계산하도록 규정했습니다 (구 법인세법시행령 제124조의2 제7항 및 제9항). 그러나 이 규정은 상위법인 법인세법의 해석과 맞지 않고, 이러한 계산 방법을 규정할 법적 근거도 없다는 것이 대법원의 판단입니다. 즉, 법률에 위배되는 시행령은 효력이 없다는 것입니다. (관련 법률: 구 법인세법 제59조의2 제3항, 구 법인세법시행령 제124조의2 제7항 및 제9항 / 참조 판례: 대법원 1995.6.13. 선고 93누23992 전원합의체판결).
3. 양도가액이나 취득가액이 불분명할 땐?
양도가액이나 취득가액 둘 중 하나라도, 또는 둘 다 불분명한 경우 양쪽 모두 기준시가를 사용하여 양도차익을 계산해야 합니다. 불분명한 가액만 기준시가로 계산하고, 분명한 가액은 실거래가로 계산하는 것은 잘못된 방법입니다.
이번 판례는 특별부가세 면제 신청의 중요성과 법령 해석의 중요성을 다시 한번 강조하고 있습니다. 사립학교법인뿐 아니라 토지 등을 양도하는 모든 분들이 이 판례의 내용을 숙지하여 불이익을 받지 않도록 주의해야 할 것입니다.
세무판례
학교법인이 수익용 기본재산(돈 벌기 위한 재산)을 팔고 그 돈의 일부만 교육에 썼을 때, 세금 감면은 판 돈 전체를 기준으로 계산해야 한다는 판결입니다. 판 돈에서 실제로 번 돈(양도차익)만 기준으로 계산하는 것이 아니라는 뜻입니다.
일반행정판례
사립학교법인이 1985년 12월 31일 이전에 취득한 토지를 팔아 다른 수익용 재산을 사려고 할 때, 특별부가세를 면제받으려면 법인세 신고 기간 안에 면제 신청서를 내야 한다는 판결입니다. 신청서를 제출하지 않으면 면제 혜택을 받을 수 없습니다.
세무판례
학교법인이 기본재산을 팔아서 생긴 소득에 대해 세금 혜택을 받으려면 정해진 절차를 따라야 하고, 건물 임대 사업자가 임대하던 건물을 팔면 부가가치세를 내야 할 수도 있다는 내용입니다.
세무판례
비영리 종교법인이라도 고유 목적에 직접 사용하지 않는 토지를 팔면 특별부가세를 내야 한다.
세무판례
비영리법인이 공익사업을 위해 토지를 양도할 때, 특별부가세 감면 혜택을 받더라도 감면 한도는 개인의 양도소득세 감면 한도가 아닌 법인의 특별부가세 감면 한도를 적용해야 한다.
세무판례
회사가 업무에 사용하지 않는 땅(비업무용 토지)을 팔 때, 취득세 중과분도 땅을 산 가격(취득가액)에 포함해서 양도차익을 계산해야 한다.