학교법인의 기본재산 양도와 부가가치세 면제, 그리고 임대용 건물 양도 시 부가가치세 과세

안녕하세요. 오늘은 학교법인의 기본재산 양도와 관련된 특별부가세 면제, 그리고 부동산 임대업자가 임대용 건물을 양도했을 때 부가가치세 과세에 대한 대법원 판례를 살펴보겠습니다. 조금 복잡해 보일 수 있지만, 차근차근 읽어보시면 이해하기 쉬울 거예요.

1. 학교법인의 기본재산 양도와 특별부가세 면제

학교법인이 교육 사업에 사용할 목적으로 기본재산을 양도하면 특별부가세를 면제받을 수 있습니다. 그런데 이 면제 혜택을 받으려면 반드시 면제 신청서를 제출해야 한다는 점이 중요합니다! 신청서를 내지 않으면 면제 혜택을 받을 수 없어요.

이번 판례에서도 학교법인이 기본재산을 양도하고 발생한 소득에 대한 특별부가세 면제를 신청하지 않았기 때문에 면제 혜택을 받지 못했습니다. 과거 법인세법(1989.12.30. 조세감면규제법 부칙 제19조에 의하여 삭제되기 전의 것) 제59조의3 제3항과 같은 법 시행령 제124조의8 제4항에 명시된 절차적 요건을 지켜야 면제 혜택을 받을 수 있다는 것을 다시 한번 확인시켜주는 판례입니다. (대법원 1989.5.9. 선고 88누4652 판결, 1989.7.25. 선고 88누1079 판결 참조)

2. 임대용 건물 양도와 부가가치세 과세

두 번째로 살펴볼 내용은 부동산 임대업자가 임대용 건물을 양도했을 때 부가가치세 과세 여부입니다. 이 사건에서 원고는 부동산 임대 사업자로서 건물을 임대하다가 해당 건물을 매각했습니다. 과세관청은 이를 재화의 공급으로 보고 부가가치세를 부과했죠.

원심은 원고가 부동산 매매업자가 아니라는 이유로 부가가치세 부과 처분을 취소했지만, 대법원은 이를 뒤집었습니다. 부동산 임대 사업자가 임대용 건물을 양도하는 경우에도 재화의 공급으로 보아 부가가치세 과세 대상이 될 수 있다는 것이죠. 즉, 부동산 매매를 사업목적으로 하지 않았더라도 임대 사업에 사용하던 건물을 매각하면 부가가치세가 부과될 수 있다는 의미입니다. (부가가치세법 제2조, 제6조, 민사소송법 제193조 제2항 참조)

원심은 원고가 부동산 매매업자가 아니라는 점에만 초점을 맞추고 임대업자가 임대자산을 양도한 경우 부가가치세 과세 대상이 되는지 여부를 판단하지 않았기 때문에 판단유탈의 오류를 범했다고 대법원은 지적했습니다.

결론적으로, 학교법인이 기본재산을 양도할 때 특별부가세 면제를 받으려면 면제 신청서를 제출해야 하며, 부동산 임대 사업자가 임대용 건물을 양도하는 경우에도 부가가치세 과세 대상이 될 수 있다는 점을 기억해야 합니다. 이 두 가지 사례 모두 세금과 관련된 중요한 판례이니 잘 알아두시면 도움이 될 것입니다.