학교법인 수익용 기본재산 양도대금과 특별부가세 면제

옛날 옛적, 학교법인들이 수익용 기본재산을 팔아서 번 돈에 대해 세금 혜택을 받을 수 있었던 시절이 있었습니다. 바로 특별부가세 면제라는 제도였죠. 그런데 이 면제 혜택을 받으려면 판 돈을 교육사업에 써야 했는데, 얼마나 써야 혜택을 받을 수 있는지가 논란이 되었습니다. 이번 포스팅에서는 이와 관련된 법원의 판단을 살펴보겠습니다.

사건의 발단:

원곡학원이라는 학교법인이 땅과 건물을 19억 원에 팔고, 그중 5억 9700만 원 정도만 교육사업에 사용했습니다. 그리고는 특별부가세 면제를 신청했죠. 세무서는 면제 대상 금액을 판 돈 전체(19억 원)가 아닌, 실제 교육사업에 사용한 금액(5억 9700만 원)을 기준으로 계산해야 한다고 주장했습니다. 원곡학원은 더 많은 금액을 사용했다고 주장했지만, 법원은 받아들이지 않았습니다.

쟁점:

핵심 쟁점은 특별부가세 면제 기준을 '양도가액'으로 볼 것인지, 아니면 '양도차익'으로 볼 것인지였습니다. 양도가액은 판 금액 전체를 말하고, 양도차익은 판 금액에서 원래 산 금액을 뺀 이익을 말합니다.

법원의 판단:

당시 법인세법 제59조의3 제2항은 학교법인이 수익용 기본재산 양도대금을 교육사업에 사용하면 특별부가세를 면제해 주도록 했습니다. (1989년 12월 30일 삭제) 법원은 이 조항의 목적이 사립학교 발전을 위한 것이라고 해석했습니다. 즉, 학교가 교육에 필요 없는 땅을 팔아서 학교 시설이나 운영비에 보태도록 유도하는 것이 목적이라는 것이죠.

따라서 법원은 '양도가액'을 교육사업에 사용해야 면제 혜택을 받을 수 있다고 판단했습니다. 만약 '양도차익'만 사용해도 된다고 해석하면, 학교가 나머지 돈을 교육과 상관없는 곳에 써도 세금 혜택을 받을 수 있게 되어 법의 취지에 어긋난다는 것입니다. (대법원 1986.6.10. 선고 84누400 판결 참조)

법인세법 시행령 제124조의8도 같은 취지로, 교육사업에 사용한 금액이 양도가액에서 차지하는 비율만큼 특별부가세를 면제해 주도록 했습니다. (1989년 12월 30일 삭제) 법원은 이 시행령이 법의 취지에 맞는다고 판단했습니다.

결론:

이 판례를 통해 학교법인이 수익용 기본재산을 양도하고 특별부가세 면제를 받으려면 '양도가액' 전체를 기준으로 교육사업에 사용한 비율만큼 면제받을 수 있다는 것을 알 수 있습니다. '양도차익'만 사용하는 경우에는 면제 혜택을 전부 받을 수 없습니다.