세금계산서가 허위일 때, 비용 증명 책임은 누구에게 있을까? 그리고 세금 부과처분이 변경되었을 때는 어떻게 불복해야 할까?

회사를 운영하다 보면 세금 문제는 항상 골치 아픈 일입니다. 특히 세금계산서와 관련된 문제는 더욱 복잡하고 어렵게 느껴지죠. 오늘은 세금계산서가 허위일 때 비용 증명 책임과 세금 부과처분 변경 시 불복 방법에 대한 대법원 판례를 소개해 드리겠습니다. (금천세무서장 사건, 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결)

1. 허위 세금계산서와 비용 증명 책임

원칙적으로 세금 부과처분이 정당한지, 세금을 부과할 요건이 되는 사실이 있는지에 대한 증명 책임은 세무서에 있습니다. 따라서 필요경비에 대한 증명 책임 역시 세무서가 부담하는 것이 원칙입니다.

그러나 예외적인 경우, 납세자가 신고한 비용 중 일부에 대한 세금계산서가 허위라는 점이 세무서에 의해 어느 정도 증명되고, 납세자가 주장하는 비용의 용도와 지급 상대방이 허위라는 점이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 그 비용을 실제로 지출했는지 증명해야 합니다. 쉽게 말해, 세금계산서가 가짜라는 의심이 들고, 돈을 쓴 목적이나 받은 사람도 가짜일 가능성이 높아 보이면 납세자가 직접 돈을 썼다는 증거를 제시해야 한다는 것입니다. (국세기본법 제16조, 소득세법 제27조, 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 참조)

2. 변경된 세금 부과처분에 대한 불복

세금 부과처분이 변경되는 경우가 있습니다. 예를 들어, 처음에는 100만원을 내라고 했는데, 나중에 조사해보니 200만원을 내야 한다고 변경되는 경우입니다. 이를 '증액경정처분'이라고 합니다.

국세기본법 제22조의2 제1항은 "세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 권리·의무관계에 영향을 미치지 않는다"라고 규정하고 있습니다. 이 법 조항이 시행된 이후에는 증액경정처분이 나오면, 처음에 나온 세금 부과처분은 효력을 잃게 됩니다. 따라서 불복할 때는 변경된 처분(증액경정처분)에 대해서만 불복해야 합니다. 처음 세금 부과처분에 대해서는 더 이상 다툴 수 없습니다. (국세기본법 제22조의2, 행정소송법 제19조, 대법원 1992. 2. 25. 선고 91누6108 판결, 대법원 1992. 5. 26. 선고 91누9596 판결, 대법원 1997. 5. 16. 선고 96누8796 판결, 대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결, 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조)

즉, 증액된 부분에 대한 세금 부과가 부당하다고 생각되면, 변경된 처분에 대해 불복해야 합니다. 처음 부과된 세금에 대한 이의는 변경된 처분에 대한 소송 과정에서 함께 주장할 수 있습니다.

세금 문제는 복잡하고 어려워 전문가의 도움을 받는 것이 좋습니다. 이 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 법률 자문으로 해석되어서는 안 됩니다. 개별적인 상황에 대한 자세한 내용은 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.