연구개발비 세액공제, 지방세에도 적용될까? - 지방세법 개정과 경과규정 해석에 대한 대법원 판결

SK하이닉스는 과거에 지출한 연구·인력개발비에 대해 법인세는 이월공제를 받았지만, 지방세에는 이월공제를 적용하지 않았습니다. 그런데 2014년 지방세법 개정으로 과세 방식이 바뀌면서, SK하이닉스는 "개정 전 법에 따라 법인세 이월공제 효과가 지방세에도 적용되어야 한다"며 이미 납부한 지방세의 일부 환급을 요청했습니다. 이에 대해 관할 시장 등이 거부하자, SK하이닉스는 소송을 제기했습니다.

쟁점은 무엇일까요?

핵심 쟁점은 지방세법 개정 시 포함된 **경과규정(2014. 1. 1. 개정 지방세법 부칙 제15조)**의 해석입니다. 해당 규정은 "법 시행 당시 종전 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전 규정을 따른다"고 명시하고 있습니다. SK하이닉스는 이 조항을 근거로 과거 연구개발비 지출에 대한 세액공제 혜택을 현재 지방세에도 적용해야 한다고 주장했습니다.

대법원의 판단은?

대법원은 SK하이닉스의 주장을 받아들이지 않았습니다. 대법원은 경과규정에서 말하는 '종전 규정'은 개정 대상이 된 지방세법 본칙만을 의미한다고 해석했습니다. SK하이닉스가 근거로 삼은 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제10조, 제11조, 제24조, 제25조의3, 제26조, 제144조 제1항 등은 지방세법 개정의 대상이 아니었기 때문에 경과규정의 적용을 받을 수 없다는 것입니다.

쉽게 말해, 지방세법이 개정되면서 이전 지방세법 규정에 따른 감면 혜택은 보장되지만, 다른 법률(조세특례제한법)에 따른 감면 혜택까지 지방세에 소급 적용되는 것은 아닙니다. 대법원은 법인세 감면 규정을 지방세에까지 확대 적용하려면, 이를 명시적으로 규정해야 한다는 입장을 밝혔습니다.

관련 법조항 및 판례:

• 지방세법 부칙(2014. 1. 1.) 제15조
• 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항(현행 제103조20 참조), 제94조 제1항(현행 제103조의21 참조)
• 대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등

결론적으로, 이번 판결은 세법 개정에 따른 경과규정 해석의 중요성을 보여주는 사례입니다. 단순히 과거 혜택을 기대하는 것만으로는 충분하지 않으며, 법률에 명시적인 근거가 있어야 권리를 보호받을 수 있다는 점을 명확히 했습니다.