연구개발비 세액공제, 신고 안 해도 받을 수 있을까?

기업이 연구개발(R&D)에 투자하는 비용에 대해 세금을 깎아주는 제도, 바로 연구개발비 세액공제입니다. 기업 입장에서는 쏠쏠한 혜택인데요, 이 세액공제를 받으려면 여러 조건을 충족해야 합니다. 그중 하나가 바로 기업 내에 연구개발전담부서를 설치하는 것이죠. 그런데 이 전담부서를 설치하고 나서 정부에 신고까지 해야 세액공제를 받을 수 있는 걸까요? 오늘은 이 쟁점에 대한 대법원 판례를 소개해 드리겠습니다.

과거 조세감면규제법(현행 조세특례제한법)에서는 기업이 연구개발비에 대한 세액공제를 받으려면 기술개발촉진법시행규칙에서 정한 요건을 갖춘 연구개발전담부서를 둬야 했습니다. 그런데 이 규칙에는 전담부서 설치 요건 외에도 과학기술처 장관에게 신고해야 한다는 규정도 있었죠.

이에 대해 과학기술처 장관에게 신고하지 않은 기업의 연구개발비도 세액공제 대상이 될 수 있는지가 논란이 되었습니다. 어떤 기업은 전담부서 설치 요건은 모두 갖췄지만 신고를 하지 않았다는 이유로 세액공제를 받지 못했고, 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

대법원은 신고는 세액공제 요건이 아니라고 판결했습니다. (대법원 2000. 3. 24. 선고 99두12130 판결) 즉, 기술개발촉진법시행규칙에서 정한 연구개발전담부서의 요건을 충족했다면, 과학기술처 장관에게 신고하지 않았더라도 세액공제를 받을 수 있다는 것입니다.

대법원은 조세감면규제법, 동법 시행령, 동법 시행규칙, 그리고 기술개발촉진법시행규칙 등 관련 법령을 종합적으로 해석한 결과 이러한 결론을 내렸습니다. 세액공제 요건으로 명시된 것은 전담부서의 설치 요건이지, 신고 여부가 아니라는 것이죠.

관련 법조항:

• 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제17조(현행 조세특례제한법 제10조 참조)
• 구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것) 제9조(현행 조세특례제한법 제10조 참조)
• 구 기술개발촉진법시행규칙(1994. 7. 18. 총리령 제460호로 전문 개정되기 전의 것) 제3조의3
• 기술개발촉진법시행규칙 제5조

이 판례는 연구개발비 세액공제를 받으려는 기업들에게 중요한 의미를 가집니다. 전담부서 설치 요건을 갖추는 데 집중하면 되고, 신고 여부에 대해서는 크게 걱정하지 않아도 된다는 것을 알려주기 때문입니다. 물론, 관련 법령은 계속해서 개정되므로 항상 최신 정보를 확인하는 것이 중요합니다.