자기주식 양도차익, 과세 대상인가요? (feat. 합병)

회사가 합병 후 피합병회사가 가지고 있던 자기주식을 팔아 이익을 얻었을 때, 세금을 내야 할까요? 이 질문에 대한 대법원의 답변을 살펴보겠습니다.

사건의 개요

A 회사(쿠쿠홀딩스)는 B 회사(쿠쿠홈시스)를 흡수합병했습니다. B 회사는 A 회사 주식을 가지고 있었는데, 합병 후 A 회사는 이 주식을 양도하고 양도차익에 대해 세금을 납부했습니다. 그런데 A 회사는 "자기주식 양도는 자본거래이므로 세금을 낼 필요가 없다"며 세금 환급을 요청했지만, 세무서는 이를 거부했습니다. 결국 A 회사는 소송을 제기했습니다.

쟁점 1: 자기주식 양도차익은 과세 대상인가?

A 회사는 자기주식 양도는 자본의 증감에 관련된 자본거래이므로, 양도차익은 과세 대상이 아니라고 주장했습니다. 그러나 대법원은 이 주장을 받아들이지 않았습니다.

• 법인세법 제15조 제1항은 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익은 익금(과세 대상)으로 본다고 규정합니다.
• 법인세법 시행령 제11조 제2호의2는 자기주식 양도금액을 익금으로 명시하고 있습니다. 여기서 자기주식은 합병으로 취득한 자기주식(협의의 자기주식)도 포함됩니다.

대법원은 합병 후 자기주식을 처분하는 것은 합병과는 별개의 후속 거래로, 단순한 자본거래로 보기 어렵다고 판단했습니다. 협의의 자기주식도 일반 자기주식처럼 양도성과 자산성을 가지므로, 그 처분이익은 과세 대상이 된다는 것입니다.

쟁점 2: 적격합병 시 양도차익 계산 방법은?

이 사건 합병은 적격합병(세법상 특정 요건을 충족하는 합병)이었습니다. 적격합병의 경우, 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 취득한 것으로 봅니다. (법인세법 제44조, 제44조의3 제1항, 법인세법 시행령 제72조 제2항 제3호 (가)목) 하지만, 실제 시가와 장부가액의 차이는 자산조정계정으로 처리됩니다. (법인세법 시행령 제80조의4 제1항 제2호)

따라서 적격합병으로 취득한 자기주식을 양도할 경우, 양도차익은 다음과 같이 계산됩니다.

(양도금액 - 합병 당시 자기주식 시가) + (자산조정계정)

결론

대법원은 합병으로 취득한 자기주식을 양도할 때 발생하는 이익은 과세 대상이며, 적격합병의 경우 위 공식에 따라 양도차익을 계산해야 한다고 판결했습니다. 이 판례는 자기주식 양도차익에 대한 과세 여부와 계산 방법을 명확히 제시했다는 점에서 중요한 의미를 갖습니다.