재개발 겸용주택 양도세, 장기보유특별공제는 어떻게 계산할까?

재개발로 낡은 겸용주택이 새 아파트로 바뀌면 양도소득세 계산이 복잡해집니다. 특히 장기보유특별공제를 어떻게 적용해야 하는지 헷갈리는 경우가 많은데요, 오늘은 대법원 판례를 통해 겸용주택 재개발 시 장기보유특별공제 계산법을 자세히 알아보겠습니다.

1세대 1주택 vs. 겸용주택

1세대 1주택을 장기간 보유하면 양도세를 계산할 때 장기보유특별공제를 통해 세금을 줄일 수 있습니다. 이 공제는 보유 기간이 길수록 공제율이 높아지는데, 1세대 1주택은 일반 부동산보다 더 높은 공제율을 적용받습니다. (구 소득세법 제95조 제2항, 시행령 제159조의2)

하지만 주택과 상가가 함께 있는 겸용주택은 이야기가 달라집니다. 주택 면적이 상가 면적보다 작거나 같은 겸용주택은 주택 부분만 1세대 1주택으로 인정될 수 있습니다. (구 소득세법 시행령 제154조 제3항 단서)

재개발 겸용주택, 장기보유특별공제 계산은?

만약 겸용주택을 재개발하여 새 아파트를 취득했다면, 장기보유특별공제는 어떻게 계산해야 할까요? 대법원은 이 경우 주택 부분과 상가 부분을 구분하여 계산해야 한다고 판결했습니다. (대법원 2013. 4. 26. 선고 2012두27620 판결)

즉, 새 아파트 중 기존 주택 부분에 해당하는 면적에 대해서는 종전 주택의 보유기간을 통산하여 1세대 1주택 공제율을 적용합니다. 반면 기존 상가 부분에 해당하는 면적에 대해서는 일반 부동산 공제율을 적용하고, 보유기간 역시 상가 취득일부터 새 아파트 양도일까지 따로 계산합니다.

사례를 통해 알아보기

예를 들어, 10년 전 취득한 겸용주택 (상가 면적 > 주택 면적)을 재개발하여 새 아파트를 취득하고 3년 뒤 양도했다고 가정해봅시다. 이 경우 새 아파트 중 기존 주택 부분에 해당하는 면적은 13년(10년+3년) 보유한 1세대 1주택으로 계산하고, 기존 상가 부분에 해당하는 면적은 3년 보유한 일반 부동산으로 계산합니다.

핵심 정리

• 겸용주택 재개발 시 장기보유특별공제는 주택과 상가 부분을 구분하여 계산합니다.
• 기존 주택 부분은 종전 주택 보유기간을 통산하고 1세대 1주택 공제율을 적용합니다.
• 기존 상가 부분은 일반 부동산 공제율을 적용하고, 보유기간도 따로 계산합니다.

(참고) 구 소득세법 제94조 제1항 제1호, 제95조 제2항, 제4항, 구 소득세법 시행령 제154조 제3항, 제8항 제1호, 제159조의2, 대법원 2007. 6. 14. 선고 2006두16854 판결

이처럼 겸용주택 재개발 시 장기보유특별공제 계산은 다소 복잡할 수 있으니, 전문가의 도움을 받아 정확하게 계산하는 것이 중요합니다.