지주회사, 자회사 추가 편입 시에도 간주취득세 감면 혜택 받을 수 있을까?

지주회사는 자회사들을 관리하며 사업을 확장해 나가는데, 이 과정에서 새로운 회사를 자회사로 편입하는 경우가 종종 있습니다. 그런데 이때 세금 문제가 발생할 수 있다는 사실, 알고 계셨나요? 바로 '간주취득세'입니다. 오늘은 지주회사가 기존에 존재하는 회사를 자회사로 새롭게 편입할 때 간주취득세 감면 혜택을 받을 수 있는지에 대한 대법원 판례를 바탕으로 알아보겠습니다.

간주취득세란 무엇일까요?

쉽게 말해, 주식을 취득하여 어떤 회사의 과점주주(지분의 50% 초과 소유 주주)가 되면, 그 회사가 보유한 부동산을 직접 취득한 것으로 간주하여 부과하는 세금입니다. (구 지방세법 제105조 제6항, 현행 제7조 제5항 참조)

지주회사는 원래 간주취득세 감면 혜택을 받습니다.

기업 구조조정을 지원하기 위해, 지주회사 설립 또는 전환 시, 그리고 자회사 주식 취득으로 과점주주가 될 때 간주취득세를 면제해주는 규정이 있었습니다. (구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호, 현행 지방세특례제한법 제57조의2 제5항 제3호 참조)

그렇다면, 이미 지주회사인 곳이 새로운 회사를 자회사로 편입할 때는 어떨까요?

대법원은 이 경우에도 간주취득세 감면 혜택을 받을 수 있다고 판결했습니다. 이미 지주회사로 존재하더라도 새로운 회사를 자회사로 편입하는 것은 기업 구조조정의 일환이며, 이는 새로 지주회사를 설립하는 것과 마찬가지로 세제 혜택을 줄 필요가 있다는 것이죠. 또한, 공정거래법상 지주회사가 새로운 자회사를 편입하는 것이 허용되므로, 이에 대한 세제 지원도 당연하다는 논리입니다.

판결 내용을 좀 더 자세히 살펴보면,

이 사건의 원고인 씨앤에이치 주식회사는 이미 지주회사였지만, 다른 회사의 주식을 추가로 취득해 자회사로 편입하면서 과점주주가 되었습니다. 이에 대해 과세 당국은 간주취득세를 부과했지만, 대법원은 "이미 지주회사인 회사가 새로운 자회사를 편입하는 것은 기업 구조조정에 해당하며, 이는 새로운 지주회사 설립과 마찬가지로 세제 혜택을 줄 필요가 있다"고 판단하여 원고의 손을 들어주었습니다. (대법원 2014. 1. 23. 선고 2011두2781 판결, 씨앤에이치 주식회사 vs 서울특별시 영등포구청장)

결론적으로,

이미 지주회사인 회사가 새로운 회사를 자회사로 편입하여 과점주주가 되는 경우에도 간주취득세 감면 혜택을 받을 수 있다는 것이 대법원의 입장입니다. 이는 기업 구조조정을 지원하고자 하는 정부 정책과도 부합하는 판결이라고 볼 수 있겠습니다.