학교법인 수익사업체 자산 매각과 세금 면제

학교법인이 100% 출자한 수익사업체의 자산을 매각하고 그 돈을 학교에 사용하면 세금을 면제받을 수 있을까요? 결론부터 말씀드리면 아닙니다. 이번 판례를 통해 자세히 알아보겠습니다.

사건의 개요

동아학숙이라는 학교법인은 의과대학 설립 자금을 마련하기 위해 100% 소유한 극동호텔의 주식을 팔려고 했습니다. 하지만 매수자가 나타나지 않아, 결국 극동호텔의 영업재산 전체(부동산, 동산 등)를 삼성생명에 매각하고 극동호텔은 청산 절차를 밟았습니다. 매각 대금은 병원 건축에 사용되었습니다.

동아학숙은 학교 사업에 쓴 돈이니 "조세감면규제법"에 따라 특별부가세를 면제받아야 한다고 주장했습니다. 학교법인의 기본재산을 교육사업에 쓰려고 팔았을 때는 특별부가세를 면제해 주기 때문입니다. (구 조세감면규제법 제67조의3 제1항 제1호)

법원의 판단

그러나 법원은 동아학숙의 주장을 받아들이지 않았습니다. 핵심 논리는 다음과 같습니다.

1. 소득의 귀속: 극동호텔의 자산을 매각한 소득은 극동호텔에 귀속되는 것이지, 동아학숙에 직접 귀속되는 것이 아닙니다. 동아학숙이 극동호텔 주식을 100% 가지고 있다고 해도 마찬가지입니다. (대법원 1993. 8. 27. 선고 93누12275 판결 참조)

2. 제2차 납세의무: 동아학숙은 극동호텔의 과점주주로서 특별부가세에 대한 제2차 납세의무( 국세기본법 제39조)만 있을 뿐, 직접적인 면제 대상이 아닙니다. 매각 대금을 교육사업에 사용했더라도, 이는 극동호텔의 자산을 매각한 것이지 동아학숙의 기본재산을 매각한 것이 아니기 때문에 세금 면제 대상이 되지 않습니다.

3. 청산인의 의무: 청산인은 법인의 채무를 모두 갚고 남은 잔여재산만 분배해야 합니다 ( 상법 제542조 제1항, 제260조). 따라서 극동호텔의 청산인은 특별부가세를 납부하거나 보류한 후 남은 금액만 동아학숙에 인도했어야 합니다. 그러지 않았기 때문에 청산인과 동아학숙 모두 제2차 납세의무(국세기본법 제38조 제1항)를 부담해야 합니다.

즉, 학교법인이 수익사업체를 통해 자산을 매각하고 그 돈을 교육사업에 사용하더라도, 수익사업체 자체의 세금 납부 의무는 면제되지 않는다는 것이 이 판례의 핵심입니다. 비록 최종적으로 학교에 돈이 쓰였다 하더라도, 형식적인 절차와 법인격을 무시하고 세금 혜택을 줄 수는 없다는 것입니다.