학교법인 수익용 농지, 토지초과이득세 과세 대상인가?

학교법인이 농사를 짓기 위해 농지를 가지고 있는 경우, 이 농지에도 토지초과이득세를 내야 할까요? 대법원은 학교법인의 수익용 기본재산으로 사용되는 농지는 토지초과이득세 과세 대상이 아니라는 판결을 내렸습니다.  좀 더 자세히 알아보겠습니다.

일반적으로 기업이 농업 이외의 사업을 하는 주된 목적으로 농지를 소유하고 있다면, 그 농지는 유휴토지로 간주되어 토지초과이득세 부과 대상이 됩니다.  토지초과이득세는 일정 기간 동안 토지 가격이 크게 오른 경우, 그 차익에 대해 세금을 부과하는 제도입니다.  즉, 농지를 놀리거나 투기 목적으로 가지고 있는 경우 세금을 더 내도록 하는 것입니다.

하지만, 모든 농지가 유휴토지로 분류되는 것은 아닙니다.  공익사업을 위해 사용되는 토지는 예외입니다.  그렇다면 학교법인의 수익용 농지는 공익사업에 해당할까요?

이번 판례의 핵심은 바로 여기에 있습니다.  대법원은 학교법인이 농업을 통해 수익을 얻더라도, 그 수익이  궁극적으로 교육이라는 공익 목적을 위해 사용된다면, 해당 농지는 공익사업용 토지로 봐야 한다고 판단했습니다.

이러한 판단의 근거는 다음과 같습니다.

• 토지초과이득세법 제9조 제4항: 공익사업을 위해 직접 사용하는 토지는 유휴토지로 보지 않는다고 규정하고 있습니다.
• 토지초과이득세법 시행령 제30조 제1항: '공익사업'의 범위를 구체적으로 정의하고 있는데, 교육기관 운영 사업 등이 포함됩니다. 단, 부동산 매매업, 임대업, 그리고 법인세법 시행령 제2조에서 정의하는 수익사업은 제외됩니다.
• 법인세법 시행령 제2조:  수익사업의 종류를 열거하고 있지만, 여기에 농업은 포함되어 있지 않습니다.

즉, 학교법인의 농업 활동은 법인세법상 수익사업에 해당하지 않기 때문에, 토지초과이득세법상 공익사업에서 제외되지 않습니다. 따라서 학교법인의 수익용 농지는 토지초과이득세가 부과되는 유휴토지가 아닌, 공익사업용 토지로 인정된 것입니다.

이 판결은 학교법인의 재정 안정성을 보장하고, 궁극적으로 교육 발전에 기여할 수 있다는 점에서 의미가 있습니다.  학교법인이 교육 외적인 활동을 통해 재정을 확보하는 데 있어, 불필요한 세금 부담을 줄일 수 있게 된 것입니다.