학교법인의 대도시 주사무소 이전, 등록세 중과세 대상인가?

안녕하세요. 오늘은 학교법인이 대도시 밖에서 대도시 안으로 주사무소를 옮길 때 등록세 중과세 대상이 되는지에 대한 판례를 소개해드리겠습니다.

사건의 개요

서울디지털대학교(원고)는 대도시 밖에서 서울(대도시)로 주사무소를 이전하면서 등록세 중과세 대상이 아니라고 주장하며 마포구청장(피고)을 상대로 소송을 제기했습니다.

쟁점

사립학교법에 따른 학교법인이 대도시 밖에서 대도시 안으로 주사무소를 이전하는 경우, 옛 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제2호에 따라 등록세 중과세 대상이 되는가?

법원의 판단

대법원은 학교법인의 주사무소 이전은 등록세 중과세 대상이라고 판결했습니다. 그 이유는 다음과 같습니다.

• 옛 지방세법 제127조 제1항 제3호는 사립학교법에 따른 학교법인의 '설립과 합병의 등기'에 대해서만 등록세를 면제하도록 규정하고 있습니다. 이는 다른 등기에 대해서는 면제할 필요가 없다는 정책적 판단을 반영한 것입니다.
• 옛 지방세법 제138조 제1항 제2호 후문은 등록세 중과세 대상인 법인 등기에 대해 세율 적용에 관해서만 본점 또는 주사무소의 전입을 법인의 설립으로 간주하도록 규정한 것일 뿐, 등록세 면제 대상을 정하는 규정이 아닙니다.

따라서 학교법인 등이 대도시 밖에서 대도시 안으로 주사무소를 이전하는 경우에도 등록세 중과세 대상이 됩니다.

원고의 신뢰보호 주장에 대한 판단

원고는 과세관청의 잘못된 안내를 믿고 주사무소를 이전했으므로 신뢰보호 원칙에 따라 중과세를 면제해야 한다고 주장했습니다. 하지만 법원은 이 주장을 받아들이지 않았습니다. 원고가 과세관청의 안내를 신뢰하여 주사무소를 이전했다는 증거가 없고, 설령 그러한 안내가 있었다 하더라도 공적인 견해표명으로 볼 수 없기 때문입니다.

관련 법조항

• 옛 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제127조 제1항 제3호 (현행 조세특례제한법 제41조 제5항 참조)
• 옛 지방세법 제138조 제1항 제2호 (현행 지방세특례제한법 제28조 제2항 제2호)

이 판례는 학교법인의 대도시 주사무소 이전에 대한 등록세 부과 기준을 명확히 제시하고 있습니다. 대도시로 주사무소를 이전하려는 학교법인은 등록세 중과세 가능성을 염두에 두고 계획을 세워야 할 것입니다.