회사분할 시 세금은 어떻게 될까? - 물적분할 과세이연과 토지 자본적 지출에 대한 부가가치세 공제

회사를 운영하다 보면 사업 효율성을 위해 회사를 분할해야 하는 경우가 생깁니다. 이때 세금 문제는 어떻게 될까요? 오늘은 물적분할 시 과세이연 규정과 토지 관련 자본적 지출에 대한 부가가치세 공제 여부를 살펴보겠습니다.

물적분할과 과세이연

물적분할이란 기존 회사(분할법인)가 특정 사업부문을 떼어내 새로운 회사(분할신설법인)를 설립하고, 그 대가로 신설법인의 주식을 받는 것을 말합니다. 이 과정에서 자산이 양도되면서 차익이 발생할 수 있는데, 이에 대한 세금을 바로 내지 않고 뒤로 미루는 것이 과세이연입니다.

기업 구조조정 지원을 위해 마련된 이 규정은  기업의 실질적인 변화 없이 단순히 조직 형태만 바뀌는 경우에는 즉시 과세하지 않겠다는 취지입니다.

과세이연 혜택을 받으려면 몇 가지 요건을 충족해야 합니다.

1. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문: 분할되는 사업부문이 독립적으로 사업을 운영할 수 있어야 합니다.
2. 자산 및 부채의 포괄적 승계: 분할되는 사업부문의 자산과 부채가 새로운 회사로 한꺼번에 이전되어야 합니다. 단, 다른 사업부문과 공동으로 사용되는 자산 등은 예외입니다.
3. 승계받은 사업의 계속 영위: 분할 후에도 새로운 회사가 해당 사업을 계속 운영해야 합니다.
4. 분할대가 전액이 주식: 분할 대가로 현금이 아닌 신설법인의 주식만 받아야 합니다.

위 요건들을 모두 만족해야만 분할로 인한 자산양도차익에 대한 과세가 이연되고, 부가가치세도 면제됩니다. (구 법인세법 제47조 제1항, 제46조 제1항, 구 법인세법 시행령 제83조 제1항, 제2항, 구 부가가치세법 제6조 제6항 제2호, 구 부가가치세법 시행령 제17조 제2항)

토지의 자본적 지출과 부가가치세

토지의 가치를 높이기 위한 자본적 지출(예: 폐석회 매립 및 유원지 조성 공사)은 당해연도 비용처리가 되지 않고 토지 취득원가에 포함되어 감가상각 대상이 됩니다. (구 법인세법 시행령 제31조 제1항, 제2항)  그리고 이러한 자본적 지출과 관련된 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다. (구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항, 대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결, 대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결)

즉, 토지의 가치를 높이는 공사를 했다면, 그 비용은 토지 가격에 더해지고, 관련 부가가치세는 환급받을 수 없습니다.  반면, 단순히 토지를 관리하거나 유지보수하는 비용은 자본적 지출이 아니므로 부가가치세 공제가 가능합니다.

사례를 통해 보는 과세이연과 자본적 지출

위 판례에서 OCI 주식회사는 인천공장의 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문을 분할하여 새로운 회사를 설립했습니다. 법원은 이 분할이 과세이연 요건을 충족한다고 판단했습니다.  반면, 인천공장 내 폐석회처리공사는 토지의 가치를 높이는 자본적 지출로 보아 관련 부가가치세 매입세액 공제를 인정하지 않았습니다.  그러나 호수재정비공사는 토지 가치 상승과 관련이 없다고 판단하여 부가가치세 공제를 허용했습니다.

회사 분할이나 토지 관련 공사를 계획 중이라면 관련 세법 규정과 판례를 꼼꼼히 확인하여 불이익을 받지 않도록 주의해야 합니다.