2010년 지방세법 개정으로 등록세 관련 규정이 바뀌면서 혼란을 겪는 분들이 많았습니다. 특히 휴면법인을 인수한 후 부동산 등기를 할 때, 개정 전 법을 적용받아 등록세 중과세를 피할 수 있는지가 큰 쟁점이었죠. 오늘은 이와 관련된 법원의 판단을 살펴보겠습니다.
쟁점이 된 법 조항은?
바로 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 부칙(2010. 1. 1.) 제6조입니다. 이 조항은 "이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다."라고 규정하고 있습니다. 쉽게 말해, 법 개정 이전에 이미 부과되었거나 부과해야 할 지방세는 이전 법을 적용한다는 것입니다.
법원은 어떻게 판단했을까요?
법원은 이 조항을 근거로 납세자에게 유리한 종전 규정을 적용할 수 있는 경우가 있다는 것을 인정했습니다. 하지만, 납세 의무가 발생하기 전에 유효했던 종전 규정에 장래 특정 기간 동안 비과세 또는 면세, 과세 유예 등의 내용이 명시적으로 규정되어 있지 않다면, 납세자가 종전 규정에 따른 감면을 기대했더라도 이는 단순한 기대일 뿐, 보호받아야 할 기득권으로 볼 수 없다고 판단했습니다 (대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 참조).
휴면법인 인수와 등록세 중과세
이 사건에서 원고는 휴면법인을 인수한 후 부동산 소유권 이전 등기를 했습니다. 원고는 개정 전 지방세법에는 휴면법인 인수에 대한 등록세 중과세 규정이 없었으므로, 등기 시점이 개정 법 시행 이후라도 중과세를 면제받아야 한다고 주장했습니다.
그러나 법원은 종전 지방세법이 휴면법인 인수 후 특정 기간 동안 등록세를 중과세하지 않겠다는 내용을 명시적으로 규정한 바 없다고 판단했습니다. 따라서 원고의 주장은 받아들여지지 않았고, 개정된 지방세법에 따라 등록세를 중과세해야 한다는 결론이 내려졌습니다.
핵심 정리
민사판례
오랫동안 활동이 없던 회사(휴면회사)를 인수한 뒤 부동산을 취득하면서 담당 구청의 안내에 따라 등록세를 중과세율로 납부했는데, 나중에 대법원 판결로 중과세 대상이 아니라는 것이 밝혀진 경우, 이미 납부한 세금을 돌려받을 수 있을까? 이 판례에서는 납세자가 세금을 납부할 당시 관련 법 해석에 다툼의 여지가 있었으므로 납부 행위 자체는 유효하며, 단순히 잘못 낸 세금이라고 해서 바로 돌려받을 수는 없다고 판단했습니다.
세무판례
기존 법인이 다른 법인을 합병하면서 피합병법인의 본점이나 지점 자리에 새 지점을 설치하고 5년 안에 그 지점 관련 부동산을 취득할 경우, 등록세 중과세를 면제받을 수 있다.
세무판례
이미 설립된 휴면법인의 주식을 전부 인수하여 회사의 임원, 자본금, 이름, 사업 목적 등을 바꾸더라도, 법적으로는 새로운 법인을 설립한 것이 아니므로 등록세를 추가로 낼 필요가 없다.
세무판례
망한 회사의 주식을 사서 이름, 사무실, 사업 내용, 임원진 등을 다 바꾸더라도 법적으로는 새로운 회사를 설립한 것이 아니므로, 대도시에 새로 회사를 세울 때 내야 하는 추가 등록세를 낼 필요가 없다는 판결.
세무판례
다른 회사의 영업과 함께 기존 지점 사무실을 인수받아 사용하는 경우, 새로 지점을 설치한 것이 아니므로 등록세를 중과세하지 않는다.
세무판례
대도시에 법인 설립 후 5년 내 취득하는 부동산은 원칙적으로 등록세가 중과되지만, 특정 업종에 사용될 부동산은 예외입니다. 이때 '특정 업종에 사용'한다는 것은 해당 업무에 필수적이고 계속적으로 사용되는 고정자산적 성격을 가져야 하며, 주된 사업장과 물리적으로 가까워야만 하는 것은 아닙니다.