수정세금계산서와 부가가치세 부과제척기간

안녕하세요! 오늘은 수정세금계산서와 부가가치세 부과제척기간에 관련된 내용을 살펴보겠습니다. 사업을 하다 보면 공급가액이 처음 계약과 달라지는 경우가 종종 발생하는데요, 이럴 때 수정세금계산서를 발행해야 합니다. 그런데 이 수정세금계산서 때문에 부가가치세 문제가 생길 수 있다는 사실, 알고 계셨나요?

사례 소개

A 건설회사는 B 회사와 함께 주택건설사업을 진행하면서 B 회사가 만들 도로를 사용하는 대가로 도로 사용료를 지급하기로 약속했습니다. 2000년 2월, A 회사는 B 회사로부터 12억 원 상당의 세금계산서를 받고 이를 매입세액으로 공제받았습니다.

하지만 이후 A 회사는 약속된 도로 사용료를 지급하지 않았고, 결국 B 회사가 소송을 제기했습니다. 법원은 A 회사가 B 회사에 2억 5천만 원만 지급하면 된다고 결정했습니다. 이에 따라 B 회사는 2006년 7월, 차액인 9억 8천만 원을 뺀 금액으로 수정세금계산서를 발행했습니다. B 회사는 수정된 세금계산서에 따라 부가가치세를 정산했지만, A 회사는 수정된 매입세액을 반영하지 않았습니다. 결국 세무서는 2008년 3월, A 회사에 1억 3천만 원의 부가가치세를 추가로 부과했습니다.

A 회사는 부가가치세 부과가 부당하다고 주장했습니다. 처음 세금계산서가 발행된 2000년으로부터 이미 5년이 지났기 때문에 부과제척기간이 지났다는 것이었죠. 하지만 대법원은 세무서의 손을 들어주었습니다.

대법원의 판단

대법원은 수정세금계산서의 발행으로 부가가치세에 변동이 생긴 경우, 부과제척기간은 수정세금계산서 발행일이 속한 과세기간의 신고기한 다음 날부터 시작한다고 판결했습니다. 즉, A 회사의 경우 2006년 7월에 수정세금계산서가 발행되었으므로, 부과제척기간은 2007년 1월부터 시작됩니다. 따라서 2008년 3월에 이루어진 세무서의 부가가치세 부과는 정당하다는 결론입니다.

핵심 정리

• 수정세금계산서 발행 시 부가가치세 변동 발생: 수정세금계산서가 발행되면서 부가가치세 금액이 변동되는 경우가 있습니다.
• 부과제척기간 기산일: 이때 부가가치세 부과제척기간은 수정세금계산서 발행일이 속한 과세기간의 신고기한 다음 날부터 시작합니다.
• 사례의 교훈: 수정세금계산서 발행 시 부가가치세 변동이 발생한다면, 부과제척기간을 정확히 확인하고 세금 신고를 꼼꼼하게 해야 불이익을 피할 수 있습니다.

관련 법 조항

• 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항
• 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조
• 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제4항(현행 제26조의2 제5항 참조)
• 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호