종교단체의 고유목적사업준비금 손금산입, 과세당국 승소 확정

등록되지 않은 종교단체, 세금 혜택 받을 수 없다? 대법원 판결 살펴보기

최근 대법원은 주무관청에 등록되지 않은 종교단체는 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없다는 판결을 내렸습니다. 이번 판결로 종교단체의 세금 문제에 대한 논란이 다시금 주목받고 있습니다. 자세한 내용을 함께 살펴보겠습니다.

사건의 발단: 대순진리회의 소송

종단 대순진리회는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 못하게 한 세무당국의 처분에 불복하여 소송을 제기했습니다. 대순진리회는 주무관청에 등록되지 않은 종교단체도 세법상 혜택을 받을 수 있어야 한다고 주장했습니다.

쟁점: 등록 여부에 따른 차별, 정당한가?

이 사건의 핵심 쟁점은 주무관청에 등록된 종교단체와 그렇지 않은 종교단체를 다르게 취급하는 것이 정당한지 여부였습니다. 대순진리회는 이러한 차별이 헌법상 평등원칙과 종교의 자유를 침해한다고 주장했습니다. 또한, 관련 법률의 위임 범위를 벗어난 시행령이라는 주장도 펼쳤습니다.

대법원의 판단: 등록 요건은 합리적 차별

대법원은 대순진리회의 주장을 받아들이지 않았습니다. 대법원은 주무관청에 등록되지 않은 종교단체를 고유목적사업준비금 손금산입 대상에서 제외하는 것은 합리적인 이유가 있다고 판단했습니다.

• 관련 법률(구 법인세법 제29조 제1항)은 고유목적사업준비금 손금산입 대상을 대통령령에 위임하고 있으며, 시행령(구 법인세법 시행령 제56조 제1항, 제36조 제1항 제1호 (마)목)은 주무관청에 등록된 종교단체만을 그 대상으로 정하고 있습니다.
• 등록된 단체들은 주무관청의 관리·감독을 받고 있어 수익금 사용 등에 대한 사후 관리가 용이합니다. 반면, 등록되지 않은 단체는 그렇지 않아 관리·감독의 차이가 존재합니다. 따라서, 이러한 차이를 고려하여 손금산입 여부를 달리 정하는 것은 현저히 불합리하다고 보기 어렵다는 것이 대법원의 판단입니다.
• 비록 현행법상 종교단체가 주무관청에 등록할 방법이 없더라도, 그 자체가 종교의 자유를 침해하는 것은 아니라고 보았습니다.

결론: 과세당국 승소 확정

대법원은 원심(서울고등법원 2010. 7. 1. 선고 2010누2045, 2052 판결) 판결을 유지하며 대순진리회의 상고를 기각했습니다. 이로써 주무관청에 등록되지 않은 종교단체는 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없다는 것이 최종적으로 확정되었습니다. 이번 판결은 종교단체의 세금 문제에 대한 중요한 기준을 제시한 것으로 평가됩니다.