주식 양도세 대주주 판정과 세율 적용, 꼼꼼히 따져봐야 할까요?

주식 투자, 요즘 정말 많이 하시죠? 그런데 주식을 팔 때 내는 세금, 양도소득세에 대해 얼마나 알고 계신가요? 특히 '대주주'에 해당하는지, 어떤 세율이 적용되는지 헷갈리는 경우가 많습니다. 오늘은 대주주 판정과 관련된 법 해석, 그리고 양도소득세 계산 시 주의해야 할 점을 살펴보겠습니다.

대주주, 언제부터일까?

과거 소득세법 시행령에서는 주권상장법인(쉽게 말해 상장기업) 주식의 경우, 직전 사업연도 종료일 기준으로 해당 회사 주식의 3% 이상을 보유한 주주를 대주주로 봤습니다. 만약 3% 미만을 가지고 있다가 추가 취득으로 3%를 넘게 되면, 그 취득일 이후에 파는 주식에 대해 양도세를 내야 했습니다.

그런데 "직전 사업연도 종료일에는 주식이 하나도 없다가 그 후에 3% 이상을 취득한 경우"에도 대주주에 해당하는지 논란이 있었습니다. 이번 판례에서는 이런 경우에도 대주주에 포함된다고 판단했습니다. 즉, 이전에 주식을 보유했는지 여부와 관계없이, 특정 시점에 3% 이상을 보유하면 대주주가 되고 그 이후 양도분에 대해서는 세금을 내야 한다는 것입니다. (관련 조문: 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호)

세금 계산, 선입선출법만 맞을까?

양도세 계산 시 주식을 산 날짜가 불분명하면 '선입선출법'(먼저 산 주식을 먼저 판 것으로 계산하는 방법)을 적용합니다. (관련 조문: 소득세법 시행령 제162조 제5항) 또한, 중소기업 주식은 일반 기업보다 낮은 세율을 적용받습니다. (관련 조문: 소득세법 제104조 제1항 제11호, 소득세법 시행령 제167조의8)

이번 판례에서는 피고인이 양도세를 계산할 때 선입선출법을 사용했고, 중소기업 주식에 대해서도 일반 세율을 적용해 세금을 적게 냈다는 점을 문제 삼았습니다. 재판부는 주식 취득 시기를 제대로 확인하지 않고 선입선출법을 적용한 것, 그리고 중소기업에 해당하는 주식에 일반 세율을 적용한 것은 잘못이라고 판단했습니다.

핵심 정리

• 주권상장법인 주식 3% 이상 보유 시 대주주. 이전 보유 여부는 관계없음.
• 주식 취득 시기 불분명 시 선입선출법 적용. 하지만 실제 거래 상황을 고려해야 함.
• 중소기업 주식은 낮은 세율 적용.

주식 양도세, 생각보다 복잡하죠? 대주주 판정과 세율 적용은 꼼꼼히 따져봐야 할 중요한 문제입니다. 혹시라도 궁금한 점이 있다면 세무 전문가와 상담하는 것이 좋겠습니다.

(참조 조문)

• 국세기본법 제18조
• 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 (가)목
• 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항 제1호
• 구 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 개정되기 전의 것) 제8조
• 구 조세범 처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조 제1항(현행 제3조 제1항 참조)
• 소득세법 제104조 제1항 제11호
• 소득세법 시행령 제162조 제5항, 제167조의8

(참조 판례)

• 대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결
• 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결
• 대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결
• 대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결